清史研究
蕭一山讀中學時，日本史學家稻葉君山所著之《清朝全史》在中國翻譯出版。頗多感慨，認爲中國史反出自外人之手，而國人不自研究，引爲奇辱。他後來回憶說：“民國三、四年間，上海有譯日本稻葉君山氏之《清朝全史》者，頗風行一時。餘方讀中學，以國人不自著書，而假手外人，真吾國學術界之恥也!稍長，乃埋頭致力，發奮著《清代通史》。”他的同班同學張克昌教授生前回憶說：“蕭一山在山西大學讀書時，已經把他的精力集中到清史的研究上，每日伏案疾書，勤苦不輟，此時他已寫出了《清代通史》的部分初稿。繁重的研究工作，使他心力交疲，神形憔悴，常常胃口不開，吃不下飯去，只好在粗茶淡飯中多放一些辣椒以佐食。”
1922年，在著名明清史專家朱希祖與孟森的倡導下，北大建立了內閣大庫檔案整理會，組織力量對清代文獻進行清理。這對久有志於清史研究的蕭一山來說，真是如魚得水。他在那裏夜以繼日地工作着，接觸了大量原始資料，諸如謄黃、敕諭、誥命、實錄、會試、考卷、題本、庫表等等;其內容涉及到有清一代的地丁、漕米、旗營、軍餉、墾牧、河政、鹽行、課稅等經濟、政治、軍事方面的資料。這些珍藏多年的史料，大大開擴了蕭一山的視野，爲《清代通史》的寫作提供了豐富的原始素材。他曾十分感慨地說：“清代內閣檔案自撥歸國立北平大學整理後，餘亦躬與斯役，披閱所及，取證滋多。此雖案牘之言，實難盡信，然較之官書，勝萬萬矣。”通過勤苦鑽研，潛心攻讀，廣搜史料， 在兩年時間裏，完成了《清代通史》上卷，1923年上卷出版時，他還是一位北京大學三年級的學生。不滿22歲的青年人，憑一己之力完成中國第一部體系完整的新式清代通史，史學界頗爲之震動，受到許多史學前輩及孫中山先生的讚賞。
李大釗先生爲《清代通史》初版寫了序言。梁啓超、蔣百里 、蔣夢麟、日本史學家今西龍博士等先生亦爲之作序。李大釗在序言中稱：“蕭子一山，以績學之餘，著《清代通史》一書。書成，執以示愚。愚受而讀之，知其書之性質爲有清一代之中國國民史。置之史學系統中，當爲普通史中之記敘的國民史。取材既極宏富，而於文明及政治諸象，統攝貫通以爲敘述，且合於社會諸象悉相結附不能分離之史理。餘故樂爲之敘，冀著者之益精厥業，以此爲重作各史之先聲也。”他對早期清史和清代重大歷史事件的研究和考證，爲清史研究的深入作了大量的奠基性工作，被人稱爲“清史研究第一人”。蕭一山突破了以往通史編著由政府組織專人來完成的慣例，集一人之力，完成鉅著，實爲近代新史學的一大成就，《清代通史》既是蕭一山的成名之作，也奠定了其在近代史學上的地位。洋洋四百餘萬言的《清代通史》足以讓蕭一山名垂後世。《清代通史》至今仍成爲清史入門必讀，學者常藉助檢閱之書，歷久而不衰。
太平天國史
太平天國史料在國內已經大量散失，要恢復歷史的真相，研究太平天國運動的興衰成敗，只有藉助於海外保存的文檔與卷宗，才能夠反映轟轟烈烈的太平天國運動的真實面貌。對此蕭氏本人曾舉出典型的證據說：“昔曾國藩私改李秀成供狀，而又焚燬太平天國公文案卷，一代史料滅於彼一人之手，即彼幕僚所撰《賊情彙纂》一書，亦不使之宣揚於世，直至今日始能印行流傳。”在太平天國史料的蒐集與整理過程中，他充分意識到前往歐洲去搜尋這些史料十分必要。“因不僅在近百年史上爲一重要事變已，也惜乎清室禁忌太嚴，遺文多被毀滅，至今不過七十餘年，詔書誥諭竟無存者。猶幸有一時同教異域之士爲之摘拾零編，保存彼都，賴以弗墜。”
1932年南京政府以公費資助蕭一山赴歐美各國考察，在英法等國圖書館和收藏中心發現了許多珍貴的太平天國史料，大多是當時國內罕見的孤本，於是廣爲抄錄或影印，回國後再加以整理和編撰，於1935年出版了(太平天國叢書》首集、《近代祕密社會史料》、《太平天國詔諭》、《太平天國書翰》、《英國政府有關中國文書總目》(英文本)等書。這些珍貴史料的整理出版，爲後來的太平天國史研究奠定了重要基礎，也確定了他在太平天國史研究領域中極其重要的地位。時任北大史學系主任的朱希祖在《太平天國叢書》序言中，尤其稱讚蕭一山蒐集整理太平天國史料之功勞卓著。這些海外新史料的出版爲當時國內史學界太平天國史的研究注人了新鮮血液，不僅如此，蕭一山還強調外國資料對於研究中國歷史的重要性，提醒人們留意英國政府的文書、英美外交檔案、日俄法的檔案及外國人的著作。
