皇太極是努爾哈赤第八個兒子。努爾哈赤死後，他接替了汗位。這時，袁崇煥派來使者，弔唁努爾哈赤的喪事，試探新頭領的動向。皇太極也要休整軍隊，也派使者回訪袁崇煥，商議罷兵的事。其實，雙方心裏都明白，這不過是爲下一次戰爭作準備。
袁崇煥利用這段時間，加緊修復了錦州、中左衛、大淩河等城市的防禦工事。第二年農曆五月，皇太極就嚮明軍發起攻擊。他親率四旗士兵，進攻大淩河，由於加固城牆的工程還沒有完工，守兵軍逃跑了。皇太極另一路軍隊攻錦州，但遭到錦州守將的頑強抵抗，沒有得手。袁崇煥鎮守寧遠城，他打算派四千人去救錦州。但援兵還未出發，皇太極的大軍就殺過來了。
袁崇煥率領部分軍隊堅守城內，派大將滿桂、尤世祿出城，憑藉着護城河，佈列車陣與火器陣，與後金兵作戰。
後金兵傷亡很大，大將濟爾哈朗等都受了傷。攻不下寧遠，皇太極又回過頭去打錦州，仍然攻不下來，只得將兩座已被他佔領的小城拆毀後退兵。當時稱這次寧遠、錦州保衛戰爲“寧錦大捷”。
打了勝仗，魏宗賢一夥便冒領軍功，享受豐厚的賞賜，卻責備袁崇煥沒有發兵救錦州。袁崇煥被迫辭職。
公元1627年，明熹宗死了，他的弟弟朱由儉繼皇位，就是明思宗，年號崇禎。這是一個雄心勃勃的皇帝，勤於政事，企圖挽救即將滅亡的明朝，但他急於求成，剛愎自用，結果，一些正事反被他辦糟了。
崇禎帝一登基，就給魏忠賢一夥沉重的打擊，魏忠賢被抄家，充軍到鳳陽。沒走到目的地，他就用自殺結束了罪惡的一生。寧錦大捷被閹黨冒功的事也被翻過案來，大臣們請求重新起用袁崇煥。
崇禎帝也對袁崇煥抱了很大的期望，便任命他爲兵部尚書、督師，指揮河北、遼東以及山東、天津等地的軍務。
崇禎帝親自在便殿召見袁崇煥，問他的打算。他說：“臣下的計劃都寫在奏疏裏。如果陛下能授給臣下行使全權的話，大約五年，可以恢復遼東全部土地。”
崇禎帝非常高興，賜給他一口尚方寶劍，特許他擁有執行公務的全權。又命兵部、戶部、吏部在兵權、錢糧、用人等方面，全力配合他。
袁崇煥回到寧遠後，全力整頓寧遠的防務，加強士訓練和火器糧草的儲備，申明紀律，鼓勵士氣。等候迎擊後金軍隊的再次進攻。
皇太極更有野心，他不滿足僅佔領遼東一片土地，而要同明朝爭奪全國的統治權。袁崇煥率重兵在寧遠堅守，阻止了他經山海關進兵北京的道路，便轉而從防守比較薄弱的其他長城關口入侵。
公元1629年農曆十月，皇太極率大軍十多萬，繞道，從喜峯口(在今河北遵化東北)、大安口(在今河北遵化北)越過長城，向北京撲來。
儘管這幾個關口，屬於薊遼總督劉策管轄的範圍，袁崇煥還是認爲他有保衛京城的責任，派了一支軍隊趕到薊州，阻攔後金的軍隊。但是這支援軍傷亡不小，未能擋住後金兵。眼看後金兵即將殺到北京城下，袁崇煥急了，自己帶着重兵，日夜兼程，趕回北京，親自來保衛京城。崇禎帝在宮裏召見了袁崇煥。
然而，殘留的魏忠賢死黨，卻又造謠說：“袁崇煥與皇太極講和，就是跟他勾結。這次皇太極進攻北京，是袁崇煥引來的。”多疑的崇禎皇帝，不由得對袁崇煥起了疑心。
袁崇煥的隊伍是千里奔馳到北京的，非常疲勞。召見時，袁崇煥提出希望讓他的將士到城裏休整一下。崇禎帝口頭上對袁崇煥說了番慰勞的話，但拒絕了他的進城休整部隊的要求。袁崇煥只得將隊伍駐紮在廣渠門外。
後金軍隊與袁崇煥的軍隊打了幾仗，互有傷亡。皇太極準備退兵，但他不想就這麼無功而回，他要想個計謀，除掉袁崇煥，以後也少個強有力的對手。剛好後金兵抓到兩個明朝太監，還關在營帳裏。他就叫人作了這樣一些安排：
晚上，兩個太監還被關在營帳裏，沒有人跟他們說話。忽然，他們聽到營帳外看守他們的士兵在說話。一個說：“今兒個主動退兵，恐怕是大汗的意思。”另一個問：
“你怎麼知道?”前面一個回答：“今天見大汗跟明營裏來的軍官說話，說什麼密約……聽說那兩人還是袁督師的密使哩……”
那天晚上，看守也不嚴。這兩個太監找到一個機會，順利地溜了出來。一到宮裏，他們就向崇禎帝報告。崇禎帝聽過他們的話，聯想起先前的有關傳說，還有袁崇煥要求軍隊進城休息的事，越想越害怕，也沒有再深入細想，馬上宣袁崇煥進宮。
袁崇煥還以爲有什麼軍情大事，匆匆地趕到宮裏，就被禁衛士兵拿下。崇禎帝氣呼呼地問：“袁崇煥，你和寇爲什麼這麼巧一前一後到北京?你爲什麼要進城駐軍?”不由分辯，就將袁崇煥下了大獄。刑部中魏忠賢的餘黨羅織了袁崇煥的罪狀：擅自與皇太極議和;擅自處死大將毛文龍;勾引敵人，脅迫朝廷與敵議和，訂立“城下之盟”;謀反……
崇禎帝聽不進任何爲袁崇煥申冤的話，第二年就將這個忠心耿耿，戰功卓著的將軍處死了。
除掉袁崇煥，皇太極非常滿意。他回到遼東，對後金的政治、軍事作了許多改革。他將後金的都城遷到遼陽，又遷到瀋陽，改名爲盛京。爲避免引起漢人對金國的記憶和反感，他把國號改名爲清，又將女真族改名爲滿洲。從此，中華民族大家庭中，增加了一個滿族的名稱。
