朱由檢因父親明光宗是皇祖父明神宗所厭的太子，母親是太子所薄的婢妾，幼年並不幸福。五歲時，其母劉氏得罪，被其父下令杖殺，朱由檢交由庶母西李撫養。數年後西李生了女兒，照管不過來，改由另一庶母東李撫養至成人。於公元1622年被哥哥朱由校冊封爲信王
熹宗於公元1627年8月(天啓七年)死後，由於沒有子嗣，他受遺命於同月丁巳日繼承皇位，時年十八歲。第二年改年號爲“崇禎”。朱由檢即位後，勤於政務。崇禎十五年(1642年)七月初九，因“偶感微恙”而臨時傳免早朝，竟遭輔臣的批評，崇禎帝連忙自我檢討。曾一度使明室有了中興的可能。
同時朱由檢大力清除閹黨。天啓七年十一月，朱由檢抓準時機剷除了魏忠賢的羽翼，使魏忠賢處於孤立無援的境地，然後一紙詔書，貶魏忠賢鳳陽守陵，旋之下令逮治。在其自縊而死後，下令磔屍於河間。此後，將閹黨二百六十餘人，或處死，或遣戍，或禁錮終身，使氣焰囂張的閹黨受到致命打擊。平反冤獄，重新啓用天啓年間被罷黜的官員。起用袁崇煥爲兵部尚書，賜予尚方寶劍，託付他收復全遼的重任。
自崇禎元年(1628年)起，中國北方大旱，赤地千里，寸草不生。
江南在崇禎十三年遭大水，崇禎十四年有旱蝗並災，十五年持續發生旱災和流行大疫。地方社會處在了十分脆弱的狀態，盜匪與流民並起，各地民變不斷爆發。
爲剿流寇，朱由檢先用楊鶴主撫，後用洪承疇，再用曹文詔，再用陳奇瑜，複用洪承疇，再用盧象升，再用楊嗣昌，再用熊文燦，又用楊嗣昌，十三年中頻繁更換圍闖軍的將領。
農民軍起義已經十多年了，從北京向南，南京向北，縱橫數千裏之間，白骨滿地，人煙斷絕，行人稀少。崇禎帝召保定巡撫徐標入京覲見，徐標說：“臣從江淮而來，數千裏地內蕩然一空，即使有城池的地方，也僅存四周圍牆，一眼望去都是雜草叢生，聽不見雞鳴狗叫。看不見一個耕田種地之人，像這樣陛下將怎麼治理天下呢?”崇禎帝聽後，潸然淚下，嘆息不止。於是，爲了祭祀難民和陣亡將士和被殺的各位親王，崇禎帝便在宮中大作佛事來祈求天下太平，並下詔罪己詔，催促督師孫傳庭趕快圍剿農民軍。
崇禎十六年正月，李自成部克襄陽、荊州、德安、承天等府，張獻忠部陷蘄州，明將左良玉逃至安徽池州。崇禎十七年(1644年)，三月一日，大同失陷，北京危急，初四日，朱由檢任吳三桂爲平西伯，飛檄三桂入衛京師，起用吳襄提督京營。六日，李自成陷宣府，太監杜勳投降，十五日，大學士李建泰投降，李自成部開始包圍北京，明王朝面臨滅頂之災。太監曹化淳說：“忠賢若在，時事必不至此。”明軍在與農民起義軍和清軍的兩線戰鬥中，屢戰屢敗，已完全喪失戰鬥力。
三月十七日，農民起義軍圍攻京城。十八日晚，朱由檢與貼身太監王承恩登上煤山(也稱萬壽山，今北京景山)，遠望着城外和彰義門一帶的連天烽火，只是哀聲長嘆，徘徊無語。李自成軍攻入北京。太監王廉急告皇帝，朱由檢在宮中飲酒長嘆：“苦我民爾!”太監張殷勸皇帝投降，被一劍刺死。朱由檢命人分送太子、永王、定王到勳戚周奎、田弘遇家。回宮後寫下詔書，命成國公朱純臣統領諸軍和輔助太子朱慈烺。
又命周皇后、袁貴妃和3個兒子入宮，簡單叮囑了兒子們幾句，命太監將他們分別送往外戚家避藏。他又哭着對周皇后說：“你是國母，理應殉國。”周皇后也哭着說：“妾跟從你18年，陛下沒有聽過妾一句話，以致有今日。
朱由檢又砍死了妃嬪數人，並命令左右去催懿安張皇后自盡。懿安張皇后隔簾對朱由檢拜了幾拜，自縊身亡。十九日凌晨，李自成起義軍從彰義門殺入北京城。然後朱由檢手執三眼槍與數十名太監騎馬出東華門，被亂箭所阻，再跑到齊化門(朝陽門)，成國公朱純臣閉門不納，後轉向安定門，此地守軍已經星散，大門深鎖，太監以利斧亦無法劈開。三月十九日拂曉，大火四起，重返皇宮，城外已經是火光映天。
此時天色將明，朱由檢在前殿鳴鐘召集百官，卻無一人前來，朱由檢說：“諸臣誤朕也，國君死社稷，二百七十七年之天下，一旦棄之，皆爲奸臣所誤，以至於此。”最後在景山歪脖樹上自縊身亡，死時光着左腳，右腳穿着一隻紅鞋。時年33歲。身邊僅有提督太監王承恩陪同。
