1402年7月17日，朱元璋第四子、燕王朱棣在“靖難之役”中打敗了建文帝，如願以償地登基做了皇帝，年號永樂。後人稱之爲“永樂大帝”。擺在朱棣面前的一道難題就是，如何處置建文帝留下的那些舊臣。從某些跡象來看，朱棣似乎有意對建文帝舊臣進行寬大處理。根據《明史.王艮傳》記載載，朱棣稱帝后，“出建文時羣臣封事千餘通，令縉等編閱，事涉兵農、錢穀者留之，諸言語干犯及他，一切皆焚燬。”
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所謂封事，就是通常所稱的奏摺。顯而易見，建文帝時，大臣們所呈奏摺，必然有涉及朱棣的言辭，言辭中必然有大不敬的地方。朱棣將這些奏摺統統焚燬，意在消除他們的恐懼心理，讓他們能夠丟掉包袱，輕裝上陣，重新爲新的皇帝服務。然而，大部分建文帝舊臣表達出不合作的態度。據《建文遜國臣記》記載，當朱棣攻破了南京城，揚威耀武地拍馬進入這個熟悉而陌生的城市時，發現前來迎降的文武官員只有100多人。逃跑、躲避者多達463人。尷尬，真是尷尬。朱棣怒了，他舉起了殺戮之刀。
首當其衝的是他認爲該殺之人。比如兵部尚書鐵鉉，這位曾經給朱棣製造了許多麻煩，甚至還差點用鐵閘砸死朱棣的大將軍，被朱棣處以凌遲酷刑。鐵鉉死後，他父母被髮配，長子被充軍，次子被虐待至死。妻子和女兒則被籍沒爲奴，發配到教坊司(當時的官營妓院)做妓女。大臣齊泰和黃子澄當初力主削藩和對朱棣用兵，他們都被朱棣凌遲處死，株連九族，妻女一律入教坊司爲妓女。其次是殺掉不肯與他合作的人。
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吏部侍郎練子寧不肯在朱棣朝當官，被朱棣綁縛上朝。練子寧對朱棣破口大罵，被割去舌頭。朱棣說：“吾欲效周公，輔成王?”練子寧無法說話，就用手伸進口裏蘸着舌血，在殿磚上大書：“成王安在?”朱棣大怒，將他凌遲處死，誅殺練氏族人151人，還將其所有親屬共計371人流放戍邊。監察御史高翔，在朱棣召見時穿着孝服入朝。朱棣讓他脫掉孝服，他堅決不從。朱棣隨即讓人敲碎他的牙齒，他仍然不從。朱棣無計可施，將他縊死，剝皮示衆。其親戚朋友均被派往戍邊。朱棣還下令，將所有姓高的人增加賦稅，稱：“使世世代代的人都罵高翔。”
御史大夫景清假意留任，卻在上朝時暗藏短劍，意圖刺殺朱棣。事敗後，怒罵朱棣：”吾爲故主報仇耳，可惜不能成事!叔奪侄位，如父奸子妻。爾背叛太祖遺命，真乃奸臣賊子，人人得而誅之。”朱棣惱羞成怒，將其凌遲處死，剝皮示衆。同時，誅滅九族，實行“瓜蔓抄，凡是姓景的族人，全部斬殺。
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朱棣殺掉最知名的人，當屬方孝孺。方孝孺是明朝大儒，在全國知識分子心目中聲望極高。朱棣在最後一次出征南京時，他的軍師姚廣孝曾千叮嚀萬囑咐，請他不要殺方孝孺。朱棣答應了。朱棣進入南京後，抓到了方孝孺。他最初確無殺方孝孺之意，還打算重用他，讓他爲自己草擬即位詔書。朱棣向用方孝孺在全國知識分子中的巨大聲望，來爲自己即位的合法性背書。可是，他打錯了算盤。方孝孺一口回絕。
他們之間，還有一段有趣的對話。方孝孺被招進朝堂後，放聲大哭。朱棣走下臥榻，安慰他：“先生毋自苦，予欲法周公輔成王耳。”方孝孺問：“成王安在?”朱棣回答：“彼自焚死。”方孝孺又問：“何不立成王之子?”朱棣回答：“國賴長君。”方孝孺再問：“何不立成王之弟?”朱棣有些惱了，回答：“此朕家事。”命人準備紙筆，讓方孝孺起草即位詔書，“詔天下，非先生草不可。”方孝孺將紙筆扔在地上，大哭：“死即死耳，詔不可草。”朱棣再次舉起血淋淋的屠刀，將方孝孺車裂於街市。有人稱，方孝孺被朱棣誅滅十族，此說存疑。
