寒門出身
朱儁少年時父親就去世了，他的母親曾經以販買繒爲家業，朱儁因孝養母親而遠近聞名。其爲人好義輕財，鄉里都敬重他。
與朱儁同縣的周規在之前受徵辟時曾向公府借錢百萬以整飾衣冠。後來周規家貧不能償還，朱儁於是以母親的繒帛去爲周規還債。朱儁母親因此十分憤恨並怪責他。朱儁卻以先貧後富的道理安慰她。本縣縣長度尚深以朱儁爲奇，把他推薦給郡守韋毅，於是朱儁開始在郡中任職。後任太守尹端任用他爲主薄。
熹平二年(173年)，尹端征剿許昭失利，被州刺史舉奏，應問斬刑。朱儁悄悄到京師，花費數百金，買通主持章奏的官員，把刺史的奏章加以改動，於是尹端才得輸作左校。尹端見罪過減輕，大喜，但心中疑惑，不知爲何得減罪過。朱儁也始終沒對人提起過。
大破樑龍
下任太守徐珪薦舉朱儁爲孝廉。後升任蘭陵縣令。朱儁任官，有過人的才能，東海相又上表推薦。正好交州羣盜並起，州牧、郡守軟弱無能，不能禁止。另外，交趾的樑龍率衆萬人，和南海太守孔芝一起反叛，攻破郡縣。
光和元年(178年)，朝廷任命朱儁爲交州刺史，前往平叛。朱儁受到任命，回到本郡檢選家兵，調發士衆，得五千人，分兩路直奔交趾。到州界後，朱儁整束兵衆，屯駐不動，派使者到南海郡察看虛實，宣揚威德，以震懾敵人之心。接着調集七郡兵士，一齊進逼，終於斬殺了樑龍，逼降幾萬人，旬月之間，州郡平定。朝廷論功行賞，封他爲都亭侯，食邑一千五百戶，賜黃金五十斤，並徵他入朝任諫議大夫。
討平黃巾
光和七年(184年)，黃巾起義爆發，朝中公卿都推薦朱儁，說他有才略。於是，朝廷任命他爲右中郎將，持節，與皇甫嵩共同出征。
朱儁先與黃巾軍波才部作戰，失敗。皇甫嵩退守長社(今河南省長葛縣東北)。波才率大兵包圍城。當時，城中兵少，衆寡懸殊，軍中震恐。皇甫嵩安慰部下，並打算使用火計。天遂人願，當晚大風驟起。皇甫嵩命令將士紮好火把登上城牆，先派精銳潛出圍外，縱火大呼，然後城上點燃火把，與之呼應。皇甫嵩藉此聲勢，鳴鼓衝出。黃巾義軍缺乏戰鬥經驗，驚慌散亂，被迫後撤。這時，曹操也奉命趕來，於是皇甫嵩、曹操、朱儁合兵，乘勝追擊。黃巾義軍頑強抵抗，數萬人慘遭屠戮。
接着，皇甫嵩又和朱儁一起乘勝鎮壓汝南、陳國地區的黃巾軍，並追擊波才、進攻彭脫，連連取勝，平定了三郡之地。皇甫嵩上表朝廷，推功於朱儁，朱儁被封爲西鄉侯，遷鎮賊中郎將。
當時南陽黃巾首領張曼成起兵，自稱“神上使”，擁衆數萬，殺郡守褚貢，屯駐宛城(今河南南陽)百餘日。後任太守秦頡擊斬張曼成。黃巾餘兵又舉趙弘爲帥，人衆越來越多，達到十幾萬人。朱儁、荊州刺史徐璆和秦頡合兵，共一萬八千多人，進擊趙弘，從六月直到八月，始終不能取勝。有人上奏，要召朱儁回京。司空張溫上疏勸阻，他說：“當年秦用白起，燕任樂毅，都是曠年持久，才能夠克敵。朱儁討潁川，已經有功效，率部南征，計劃已定，臨陣換將，這是兵家所忌的，應該給他時間，讓他成功。”靈帝依議。朱儁於是揮兵急攻宛城，殺死趙弘。
黃巾義軍又以韓忠爲帥，仍然佔據宛城。朱儁兵少不敵。於是解散城圍，紮下營壘，築造土山，面對城內。鳴鼓吶喊，擺出進攻城西南的態勢。黃巾軍全都趕赴應敵。朱儁卻自率精兵五千，進攻東北，將士鼓勇，登城而入，韓忠退守小城，驚懼非常，請求投降。
朱儁的司馬張超及徐璆、秦頡皆欲聽之。朱儁不同意，他說：“出兵有形同而實異的地方。當初在秦末的時候，人民沒有穩定的君主，所以以賞附來勸降。現在海內一統，只有黃巾造反，納降他們不能使人向善，討伐他們足以懲惡。現在如果接受他們的投降，那就滋長他們造反的意念，給他們有利就進戰，不利就乞降的想法，這是縱敵長寇的策略，不是良計。”說完，下令急攻，但一連數日，都未能攻克。
朱儁登上土山，瞭望黃巾營壘，然後對張超說道：:“我知道了!賊人的外圍堅固，內營逼急，求降不得，想出也出來不得，所以他們殊死戰鬥。萬人一心，尚且不可當，何況是十萬呢!強攻的害處太大了。不
如把包圍撤除，集合部隊進城。韓忠看見包圍已經解除了，一定會自己出來，等他們出來，兵心就散了，這是易於攻破的方法啊。”
於是下令解圍。韓忠見圍解，果然引軍出戰，朱儁乘勢進擊，大破其軍，追擊十餘里，斬殺。韓忠等人只好投降。秦頡殺死韓忠。黃巾餘衆不能自安，又以孫夏爲帥，還駐宛城。朱儁進攻，孫夏敗走，朱儁縱兵擊殺數萬。黃巾因此破散流離。
中平二年(185年)春天，朝廷任命朱儁爲右車騎將軍。朱儁率兵回京，被任命爲光祿大夫，增加食邑五千戶，改封錢塘侯，加位特進。後來因爲母親喪離職。服畢起家，任將作大匠，轉任少府、太僕。
擊退張燕
黃巾起義之後，各地農民紛紛起義。其中大聲的就自稱雷公，騎白馬的就自稱張白騎，行動輕便的就說是飛燕，鬍鬚多的就號稱於氐根，大眼的就說大目，如此多的稱號，都各有原因。人多的聚衆二三萬，小的也有六七千人。其中，以常山人張燕勢力最大，他輕勇矯捷，軍中都號稱是“飛燕”，他善得士卒的愛戴。據衆百萬，佔據黑山，朝廷無法討平。後來，他遣使至京師，投降了朝廷，被拜爲平難中郎將，領河北諸山谷事。
後來，張燕漸漸率兵侵犯河內郡，進逼京師。朝廷任命朱儁爲河內太守，率領家兵擊退張燕。後來他們大多都被袁紹所討平。此後，朱儁歷任光祿大夫、屯騎校尉、城門校尉、河南尹。
拒任太僕
中平六年(189年)，董卓把持政權。因朱儁是功高望重的將領，董卓對他格外小心。外表與他親近交結，內心則對他頗爲忌憚。
初平元年(190年)，關東州郡起兵討伐董卓，推袁紹爲盟主，兵鋒甚爲強盛。董卓感到恐懼，想請公卿們商議遷都長安，朱儁屢次阻止。董卓雖然厭惡朱儁和自己作對，但貪圖他的高名，於是上表奏請朱儁爲太僕，做自己的副手。
使者到朱儁府上後想要宣示詔命，朱儁堅決推辭，不肯接受，卻乘機說：“國家西遷，必孤天下之望，以成山東之釁，臣不見其可也。”使者聽了，很感奇怪，問他：“召您受任，您堅決拒絕;沒問您遷都的事，您卻說了半天，這是爲什麼呢?”朱儁說：“副相國，我不能勝任，遷都計，也不是急事。辭卻不能勝任的職務，說點不關緊急的話，是我們做臣子的本分。”使者又問：“遷都的事，我從沒聽到過。就算朝廷有此打算，也還沒有透露出來，您怎麼知道的呢?”朱儁又煞有其事地說：“這可是董相國告訴我的，否則，我怎能知道?”使者沒辦法，只好回去覆命。此事於是作罷。
受詔入朝
初平二年(191年)，董卓進入關中後，留朱儁守洛陽，朱儁便和山東諸將通謀，想作內應。後來，朱儁害怕董卓襲擊自己，棄官逃往荊州。董卓任命弘農人楊懿爲河南尹，駐守洛陽。朱儁聞訊，率兵還洛陽，楊懿退走。朱儁見河南殘破，無法作爲屏障依靠，於是引軍向東面，屯駐在中牟縣。並傳信給各個州郡，召請部隊討伐董卓。徐州刺史陶謙派來精兵三千。其他州郡也派了一些兵來，陶謙便上表奏任朱儁代理車騎將軍。董卓聞知後，讓他的將領李傕、郭汜率領數萬人屯駐河內抵擋朱儁。朱儁出擊，被擊敗。朱儁自知衆寡不敵，於是停留關下，不再前進。
初平三年(192年)，李傕、郭汜掌權。朱儁當時還在中牟，陶謙認爲朱儁是名臣宿將，屢立戰功，可以委以大任，於是和諸豪傑共同推舉他爲太師，並傳檄給各州牧伯，相邀一同討伐李傕，奉迎天子。
正好李傕聽從太尉周忠、尚書賈詡的計策，派人用天子詔書徵召朱儁入朝。兩條道路，擺在面前，何去何從，亟待選擇。軍吏將士都不願入關，想與陶謙等聯合。朱儁卻不慌不忙，說出了一番道理。他說：“用天子的命令召臣子，應當不等徵召就要去，何況是天子的詔命呢?而且李傕、郭汜是奸亂小人，樊稠是平庸無用的人，沒有別的什麼遠大的謀略，又勢力相等，變亂必定發生。我乘他們的不備，突然行動，那大事就可以成功了。”當下辭謝陶謙等人，奉詔入京任太僕。陶謙也只好作罷。
憤懣離世
同年，朱儁接替周忠爲太尉，錄尚書事。
興平元年(194年)秋天，朱儁因日食而免職，又奉命代理驃騎將軍職務，持節鎮撫關東，但未出行。
興平二年(195年)二月，李傕殺死樊稠，郭汜自疑，又與李傕相互攻殺，長安大亂。朱儁留京沒有出行，任大司農。李傕劫持漢獻帝到自己的營中，獻帝命朱儁和太尉楊彪等十多人去說服郭汜，讓他與李傕和解。郭汜不肯，扣留朱儁、楊彪等爲人質。朱儁的性格剛猛，當日便過於憤怒發病而死。
