早年經歷
王輔臣本是明朝一官宦人家僕傭的孩子。時值天下大亂，追隨姐夫劉某參加農民軍，王輔臣生性好賭，曾一夜輸掉銀子六百兩，劉某知道後，打算殺了他，在房內拉着弓箭等王輔臣進來，一發沒射中，王輔臣反殺了劉某逃亡。後來流竄到明朝同總兵姜瓖麾下，姜瓖手下有個將領叫王進朝，沒有子嗣，並領王輔臣做了乾兒子，王輔臣也就此改姓王。王輔臣面孔白皙，長身玉立而眉如臥蠶，酷似世上流傳的呂布畫像，得了個“活呂布”的名號。
崇禎十七年(1644年)，李自成所率領的大順軍直搗北京，明朝大應時勢舉城而降，王輔臣由此撥劃到姜瓖屬下。轉瞬間，吳三桂引清軍入關，大順軍一潰千里，異軍突起的清軍勢如旋風席捲中原。姜瓖遂殺掉大順將領張天琳，又舉城投靠清兵，王輔臣亦隨之降清。
大同拒清
投清後不久，姜瓖認爲滿人兵不刃血而佔據大同要衝之地，卻對他有功不賞，還屢受訓斥，心懷憤懣。未幾，故明投清的一些軍事將領紛紛反正，聲勢甚大，見此，姜瓖又自稱興漢大將軍，以大同爲根據地，聯合三省十餘支地武裝力量，打起反清復明的旗幟，王輔臣始終追隨鞍前馬後。
在此戰中，王輔臣聲名鵲，經常黃馬白袍，於亂軍中衝突奔馳，十蕩十決，勇猛無儔。阿濟格麾下八旗勁旅都是自關外打到關內的百戰精銳，遇到此人竟紛紛辟易，“莫有攖其鋒者”，清軍直呼：“馬鷂子至矣。”
攝政王多爾袞兩次親征未能奏效，王輔臣因而一戰成名。不久投降於阿濟格，免於被誅，沒入辛者庫爲奴。由是，王輔臣武勇之名播於京城，北京的滿人都以認識馬鷂子爲榮。
平步青雲
順治七年(1650年)，多爾袞去世，順治帝親政，愛惜王輔臣的才幹，任命他爲御前一等侍衛，委以重任。
順治十年(1653年)，順治帝命令洪承疇出征西南，並叫王輔臣隨軍出征，當洪承疇的貼身侍衛，當時去洪承疇軍中的有兩位御前侍衛，一個是張大元，一個是王輔臣，張大元自恃是大內派出的，所以不把洪承疇放在眼裏，而王輔臣則盡心侍候洪承疇，讓洪承疇很滿意，戰爭結束後就保舉王輔臣做了總兵官。
當時，平西王吳三桂極力籠絡著名武將，王輔臣當然在他的視野之中，吳三桂請示了順治帝后，授給王輔臣援剿右鎮總兵官隸屬於自己的部下。
順治十八年(1661年)，王輔臣跟隨吳三桂入緬甸，擒獲南明朱由榔，吳三桂對王輔臣像子侄那樣重視。
專鎮一方
王輔臣和吳三桂一直稱兄道弟，一次喝酒時，吳三桂之子吳應麒說了重話，大抵是戲弄王輔臣，問王輔臣能不能把一碗帶着蒼蠅的飯菜吃下去，王輔臣好勝，就說我連死人都吃過還怕蒼蠅，就是親貴的腦髓我也敢吃 。
後來，此事傳入了吳三桂的耳朵中，而且也走了樣子，說王輔臣講連老王爺的腦子都敢吃何況蒼蠅。吳三桂很不高興，就讓人給王輔臣帶話說，你們這些小孩子開玩笑可以，但是不要把老夫也扯進去，容易讓外人看笑話。在王輔臣來看，這本來是個笑話，就是因爲吳應麒是王爺的侄子所以王爺就要偏袒，因而很氣憤，花錢走了輔政大臣的路子請調到甘肅固原做了提督。
不僅，朝廷下旨將王輔臣調離雲南，擔任平涼提督。吳三桂悵然若失，說：“王輔臣這小子花了多少錢膽子如何這麼大呢?”臨行前，吳三桂送了一程又一程，拉着他的手流出眼淚：“我知道你從不吃空餉，可是你家人口多，雲南到平涼萬里迢迢，何堪路途艱苦?”拿出白銀二萬兩，送他以爲川資。”
王輔臣到京城陛見，康熙帝親自讓欽天監給王輔臣選日子，還讓他一起過了上元節後再走，康熙把一把豹尾槍贈給王輔臣，康熙帝說：這把槍是先帝世祖章皇帝留下來的，一共是兩隻，朕每次出獵都一定把他們懸掛於馬前，現在你遠去平涼代表朝廷鎮守邊鎮，爲了宣揚你的威名和表示朕對你的信任，把這把槍送給你，朕是先帝的兒子，你是先帝的臣子，其他的物品不足以表示珍貴，唯有這把槍可以讓你經常想到先帝對你的託付和朕對你期望 。”王輔臣伏地謝恩稱：“臣怎麼敢不盡忠貞之節、竭犬馬之力，粉身碎骨報答陛下的大恩。”哭拜而出。
王輔臣就此告別寄人籬下的境遇，開始成爲專鎮一方的大將了。
首鼠兩端
康熙十二年(1673年)，三藩之亂兵起，吳三桂派汪士榮給王輔臣信，請他出任總管大將軍，當時康熙帝囑咐王輔臣和張勇統領陝西軍務，王輔臣沒有和張勇打招呼，就讓兒子王吉貞把汪士榮和吳三桂的招降書送給了康熙，康熙帝見信後大喜，將汪士榮處於極刑，封王吉貞爲太僕卿。張勇的軍功本來在王輔臣之上，就此和王輔臣心生嫌隙。四川提督鄭蛟麟因爲響應吳三桂的叛亂，康熙遣重臣莫洛出京擔任大學士管理經略事宜，莫洛是原來的鰲拜一黨，康熙賦予他全權調動山西陝西的兵馬，王輔臣之前和莫洛有過節，而莫洛和張勇關係又好，莫洛一開始對王輔臣就很不友好，處處掣肘。
康熙十三年(1674年)十二月，因爲糧餉馬匹分配不公，王輔臣的副將邵苓芝怨氣沖天，領兵衝擊八旗軍營，倉促中莫洛咽喉中箭身亡。而《八旗通志·莫洛傳》的記載是，王輔臣親自鼓譟上陣，攻擊莫洛軍營。蕭一山的《清代通史》也沿用這種說法。
莫洛死後，其部爲王輔臣所並，王輔臣旋派使持書往見吳三桂，表示願隨其部反清，接着引兵北返，至沔縣，聞洞鄂率滿營騎兵至，鞏勢孤難敵，便與總兵蔡元、副將白光勇等率部進入隴右，洞鄂聞莫洛死，不知其詳，亦不敢戰，率部北返西安。
佔據平涼
王輔臣率部自沔縣，經略陽，進入隴南，階州、徽縣及所屬成縣、文縣等皆依附。後來在北達秦州後，知州巴山剛也歸附，王輔臣決定以位處陝甘要衝的平涼爲根據地，北控寧夏，南接巴蜀，東拒清軍。於是又率部北抵平涼，駐平涼遊擊李師膺開城迎降。不久,慶陽、平涼各州盡附於王輔臣。當時吳三桂已封王輔臣爲平遠大將軍、陝西東路總管,並助餉銀二十萬兩,還令王屏藩、吳之茂率部北進，援助王輔臣攻取整個隴右。
康熙十四年(1675年)正月，王輔臣派部將白光勇克清水，秦州知州巴山剛率秦州守軍克鞏昌。隴右其餘府、州、縣，包括伏羌、寧遠皆爲王輔臣攻據。
康熙帝讓王吉貞回去給他父親說朝廷既往不咎，希望王輔臣迷途知返。王輔臣先後攻破蘭州等地，陝甘危急。豫親王多鐸之子董額用兵無方，攻平涼八個月不下，康熙後請圖海出前往陝西平叛。
康熙十五年(1676年)，康熙帝正式任命圖海爲撫遠大將軍，率兵急赴陝西。三月，圖海抵達平涼，諸將請乘勢攻城，圖海說：“仁義之師，先招降然後才攻打。我憑藉皇上的天威，討伐這些兇殘的逆賊，不用擔心無法攻克。顧念到城中數十萬生靈，他們沒有一個不是朝廷的赤子，如今慘遭叛賊劫掠到這種地步，覆巢之下，殺戮一定很多。等待他們主動投降歸誠，用來體現聖主好生之德，不是更加美化嗎?”城中軍民聽說後，莫不感泣，多有自相出城者，因此人心動搖。
不久，平涼孤城斷了糧草，殺馬爲食，人心驚惶。清軍又佔據城北山墩，居高臨下以紅衣大將軍炮轟擊，守軍駭然氣奪。圖海曾經對王輔臣有提攜之恩，此刻攻心爲上，反覆傳達康熙既往不咎的政策。於是，王輔臣再次降清，康熙帝仍命王輔臣爲平涼提督，加太子太保頭銜。
畏罪自盡
康熙帝命令王輔臣和圖海一起鎮守漢中，王輔臣內不自安，曾經自殺了一次。康熙嚴令圖海看護王輔臣。
康熙二十年(1681年)七月，王輔臣突然將新娶的夫人叫來，無故一頓拳腳，將她鼻青臉腫地逐出家門。隨後數日不問軍務，率同部屬痛飲高歌，某日，飲酒正酣，突然擲杯於地，吩咐道：“你們多年來隨我東西南北奔走，犯霜露，冒矢石，慚愧我沒能給過什麼。今天我和大家作最後之訣別，且請一醉方休!酒醒後各奔前程，自此永無相見之日。以後休要提起曾在王輔臣麾下，以免受到牽連!”說罷，遣散家財，分發給部下。
酒醒後，部屬已遵照他的話灑淚星散，只有一個親兵還在帳下，給他倒了碗水。他撫摩着這隻碗沉吟：“我發放財產，忘記給你留一份，你伺候我多年，也沒有家。以後誰會管你呢?這個銀碗重達數斤，你拿了它去，安個家室好生過日子吧!”
入夜，王輔臣吩咐親兵在他睡熟後，用桑皮紙噴酒，一層一層矇住口鼻。笑道：“斧鉞加身，砍頭落地，不過忍片時之痛，大丈夫何所懼哉!不過圖海軍門是我恩人，蒙他在皇上面前爲我擔保。我如死於兵械，必以畏罪自殺故連累圖海。這般窒息而死了無痕跡，你明天上報，只說我路途中患病暴斃。”是夜，王輔臣飲毒酒自盡。
康熙帝聽到王輔臣死訊，默然良久。後來，果然沒有株連他的家人、部屬，僅僅將王吉貞革職了事。
