崔玄暐年輕時以學行著稱，深受叔父祕書監崔行功器重。662年(龍朔二年)，崔玄暐考中明經科，累遷至庫部員外郎，後授天官郎中、鳳閣舍人。
擔任宰相
701年(長安元年)，崔玄暐升任天官侍郎。他性情耿直，從不私下接受官員請託，因此受到權貴的忌恨，改任文昌左丞。不久，武則天對崔玄暐道：“你調職之後，官吏紛紛設齋慶賀，這會放縱他們的貪慾。所以現在我讓你官復原職。”於是重新任命崔玄暐爲天官侍郎。
703年(長安三年)，崔玄暐擔任鸞臺侍郎、同鳳閣鸞臺平章事，兼太子左庶子，次年又改任鳳閣侍郎，加銀青光祿大夫。此前，來俊臣、周興等酷吏貪圖封賞，誣陷良善，抄沒數百家。崔玄暐拜相後，上表皇帝，爲他們陳述冤屈。武則天感悟，將這些人全部赦免。
政變封王
704年(長安四年)，宋璟彈劾張昌宗圖謀不軌，崔玄暐也多次進言。不久，武則天患病，避居深宮，不肯召見宰相，只由張易之兄弟侍疾。崔玄暐進言道：“太子與相王足以侍奉湯藥，宮廷禁地，不宜異姓人隨意出入。”武則天道：“我十分感激您的厚意。”但卻不肯採納。
705年(神龍元年)，崔玄暐與桓彥範、敬暉、張柬之、袁恕己等人趁武則天病重，發動兵變，擁立皇太子李顯登基，是爲唐中宗，因功擢升中書令，封博陵郡公。武則天對崔玄暐道：“別人都是受人推薦，只有你是朕親手提拔的，你爲什麼要這麼做?”崔玄暐道：“這正是爲了報答陛下。”
同年四月，唐中宗任命術士鄭普思爲祕書監，崔玄暐極力勸諫，但不被採納。後來，武三思多次在中宗面前進讒。中宗採用明升暗降之計，封崔玄暐爲博陵郡王，罷去其宰相之職，只讓他在每月初一十五上朝面君。不久，崔玄暐又出任檢校益州長史，並代理都督之職。
病死流途
706年(神龍二年)，唐中宗聽信武三思讒言，貶崔玄暐爲均州(今湖北丹江口)刺史。後來，武三思又誣陷崔玄暐等人與駙馬王同皎同謀作亂。崔玄暐又被貶爲白州(今廣西博白)司馬，削去封爵。七月，武三思暗中宣揚韋皇后淫亂後宮之事，並嫁禍給崔玄暐等人。唐中宗大怒，將崔玄暐流放古州。崔玄暐在流放途中病逝，時年六十九歲。
710年(景雲元年)，崔玄暐被追復官爵，賜諡文獻。718年(開元六年)，唐玄宗將崔玄暐的靈位放入唐中宗的宗廟中。782年(建中三年)，唐德宗又追贈崔玄暐爲太子太師。
崔玄暐的妻子是誰 崔玄暐子女
在清光緒年間所修《獲鹿縣志》的“金石志”中，著錄有“唐大理寺卿崔升妻滎陽縣君鄭氏墓誌”(原石全名爲“大唐大理卿崔公故夫人滎陽縣君鄭氏墓誌銘並序”)一石，由於該墓誌與獲鹿本地名勝無涉，加之《縣誌》不載墓誌銘文，所以這方墓誌一直沒有引起人們的重視。甚至研究唐史的專家、學者，對此墓誌也沒有加以“青眼”。然而，這方墓誌卻是目前瞭解有唐一代赫赫有名的名門望族——土門崔氏的唯一實證材料。
兒子：崔璩，官至禮部侍郎，襲博陵郡公。
兒子：崔珪，官至汾相等州刺史。
兒子：崔氏，官至主客郎中。
兒子：崔璆。
孫子：崔渙，官至宰相。
崔玄暐的故事
崔玄暐的母親盧氏曾告誡他道：“我曾聽姨兄辛玄馭道：‘兒子做了官，有人來說再不會貧窮了，這的確是喜事;但他錢財充足，這又是讓人擔憂了。’我認爲這是很正確的看法。近來看見親戚中做官的，多用錢物奉養雙親，而雙親卻不問錢物從何而來。如果是自己的俸祿，這是好事;如果不是，那麼與盜賊有什麼區別呢?你如今作官，如果不能忠正清廉，怎能立足於天地?”因此崔玄暐爲官以清白著稱。
人物評價
劉昫：昔夫差入越，勾踐保於會稽，不聽子胥之言，而有甬東之嘆。此五王除兇返正，得計成功。當是時，彥範、敬暉握兵全勢，三思、攸暨其黨半殲，若從季昶之言，寧有利貞之禍?蓋以心懷不忍，遽失後圖，黜削流移，理固然也。且芟蔓而不能拔本，建謀而尚欠防微，死即無辜，禍由自掇。失斷召亂也，不亦宜哉!
宋祁：五王提衛兵誅嬖臣，中興唐室，不淹辰，天下晏然，其謀深矣。至謂中宗爲英王，不盡誅諸武，使天子藉以爲威，何其淺耶?釁牙一啓，爲豔后，豎兒所乘，劫持戮辱，若放豚然，何哉?無亦神奪其明，厚韋氏毒，以興先天之業乎?不然，安李之功，賢於漢平、勃遠矣!
王化貞：張柬之等五王，合謀誅二張、遷武氏、反中宗之闢而復唐之，何其壯也。未久而妖韋蠱於內，諸武蠱於外，而五王者，厭厭不振以至於屠滅。千載之後，疇不痛之，而又惜之，且恨之。
