長祿四年(1460年)政堯製造了守護代伊庭滿隆之子被殺事件，近江實權掌握者伊庭氏的實力被削弱，而將軍足利義政誤聽讒言，使政堯在京都大原地方剃髮出家，由龜壽丸再度繼任家督。
南近江六角氏源出武士名門佐佐木氏嫡系，世爲南部近江守護。康正二年(1456年)，六角久賴因無力抵禦京極氏對領國的干涉而自殺，被官擁立久賴年幼的嫡子龜壽丸繼承家督之位，並仿照往例，由家臣山內政綱輔佐龜壽丸。長祿二年(1458年)龜壽丸突然被解除近江守護的職務，改由堂兄弟六角政堯繼任，政堯是在文安內亂中自殺的六角時綱之子，這明顯是幕府抑制六角的勢力安定近江的手段。
內權力爭
此時圍繞着室町幕府將軍足利義政的後繼者之爭愈演愈，深爲家督繼承問題困擾的六角氏也趟進了幕府內權力爭伐的渾水。應仁元年(1467年)畠山政長與義就之間的合戰引燃了戰火。自此應仁之亂迅速擴大到各地，北近江的京極家參加了東軍，而六角家則加入了西軍，家督龜壽丸年幼，便由山內政綱與伊庭貞隆領軍攻佔清水城，並侵略延歷寺寺領，但此後山內政綱和伊庭貞隆分別在京都和近江的合戰中失利。應仁二年(1468年)十一月，京極氏與六角政堯的聯軍攻破了六角氏的本城觀音寺城，在東軍擁立的將軍足利義政的支持下，政堯再度成爲近江守護。文明元年(1469年)，京極持清代替六角政堯出任近江守護，六角龜壽丸和山內政綱爲了奪回領國而在近江起兵展開對觀音寺城的攻略，在京極持清的強力守護代多賀高忠的壓制下，六角軍屢屢戰敗。
互戰
文明二年(1470年)京極持清急病遽逝，其子勝秀在家督繼承的爭奪中失勢，六角家重佔近江，勢力又發展起來。文明三年(1471年)東軍的幕府再度任命六角政堯爲近江守護，指令其攻入近江。已經元服的龜壽丸更名行高，率領六角氏一族進行了有力的抗擊，攻佔清水城政堯戰敗自殺。文明四年(1472年)京極政高令家臣多賀高忠再度攻略近江，高忠從近江北部攻入並取得一定戰果，卻在南下時受到西軍的美濃齋藤妙椿的阻擊而敗走，東軍幕府對近江的侵入再次以失敗而告終。六角氏支配領國的慾望是強烈的，隨着幕府與六角氏交涉的決裂，幕府決定再度發動對近江的攻略。近江守護的職務由六角虎夜叉繼承，同時命令京極政高討伐六角行高。
決戰
文明七年(1475年)，政高自領國出雲遠征，集結延歷寺徒衆發動攻略，與六角氏的決戰拉開了序幕，戰鬥在觀音寺城展開，六角行高身先士卒率軍奮戰。初戰以六角氏被“俘虜數百人，斬獲百餘級”的敗北而告終，觀音寺立刻陷入了籠城戰的境地。正當行高自覺命數已絕之時，次月西軍的援軍在土岐成賴和斯波義廉的率領下抵達，西軍發動反擊，東軍全線崩潰被逐出了近江。此後六角行高在近江的支配霸權確立。文明九年(1477年)，應仁之亂結束。
