索額圖曾助康熙皇帝玄燁清除鰲拜集團，立下一大功，因此康熙前期，甚得玄燁的信任，充任保和殿大學士、太子太傅、議政大臣等要職。此外，索額圖還是皇太子生母的叔父(太子外祖父噶布喇系索額圖之兄)。因此，索額圖得以在朝廷“專權用事，賄賂公行”，“朋比徇私，益加貪黷”。
索額圖與朝廷另一權臣明珠爭權奪利，“互植私黨，貪侈傾朝右”。明珠出身葉赫納喇氏貴族，武英殿大學士、太子太師，先後任刑部、兵部、吏部尚書，又是皇長子胤禔的舅父，權勢顯赫。索額圖及其黨羽、漢人儒臣李光地等，極力維護皇太子的利益。明珠及其黨羽，大學土餘國柱、戶部尚書佛倫、刑部尚書徐乾學等是反皇太子的，極力想把皇長子胤禔推上臺。於是，朝廷之中的大臣，三五成羣互相交結，徇庇同黨，圖取貨賂，營私作弊，把朝廷搞得烏煙瘴氣。
康熙一方面要維護皇太子胤礽的正統地位，另一方面需要整頓一下朝臣互植私黨的風氣。於是，康熙二十七年(1688年)，康熙先從明珠一黨開刀。在康熙的指使下，由僉都御史郭璐出面，奏參彈劾明珠及其黨羽餘國柱等“背公營私”、“要結羣心，挾取貨賄”，遂將明珠、餘國柱革職。
明珠一黨瓦解後，黨爭局面有所緩解。但索額圖等仍以太子爲中心集結勢力。特別使康熙不能容忍的是，索額圖竟然“懷私倡議”，“凡皇太子服御諸物，俱用黃色，所定一切儀注，幾與朕相似”。此外，所定一切儀制，都與皇帝相同。這無疑觸犯了老皇帝的禁忌。但因索額圖與其父索尼兩代俱爲朝廷輔臣，又助康熙誅鰲拜，又多次領兵與準噶爾部作戰，均有殊勳，不便輕易處置。
康熙四十年(1701)，索額圖因年老休致，由其弟心裕爲領侍衛內大臣。翌年，康熙南下巡視河工，皇太子隨駕病倒於德州。康熙命召索額圖前來侍疾。是歲，其弟心裕因虐斃家人被奪官。根據索額圖家人的告發，康熙令執索額圖，拘禁於宗人府，並處死於幽所。
康熙指責索額圖，“結黨妄行，議論國事”，“皇太子在德州，爾乘馬至中門始下”，“爾所行事，任舉一端，無不當誅”。康熙甚至指稱索額圖“誠爲本朝第一罪人”。至於具體罪行，康熙並未明說。但是，據康熙第一次廢皇太子後宣諭罪狀說：“索額圖助胤礽潛謀大事，朕知其情，將索額圖處死。”可見，索額圖被拘禁處死的主要原因是助胤扔“潛謀大事”，即爲使皇太子早登皇位，陰謀發動宮廷政變。
