許多人對水晶頭骨的認識源自電影《印地安那-瓊斯和水晶頭骨王國》，該電影中水晶頭骨是神祕外星人的頭骨，這些外星人締造了遠古人類文明。雖然在現實中考古學家並不能確定水晶頭骨來自外星體，但之前13個神祕水晶頭骨確實讓人們迷惑不解，它們大多出現在中美洲洪都拉斯、墨西哥等地，人們將它們與神祕的瑪雅文明和金字塔相連接在一起。
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水晶頭骨都是用高純度透明水晶製成，上面沒有任何明顯的工具切割跡象，它們在製作時完全沒有考慮到水晶的自然軸，這在現今的科學技術也很難辦到。如果將激光射入水晶頭骨的鼻腔時，頭骨就會發出光芒，表面出頭骨的棱鏡作用。
2008年，由英國和美國科學家組成的研究小組使用電子顯微技術和X射線結晶技術對大英博物館和美國史密森尼博物館內珍藏的水晶頭骨進行了檢測，頭骨表面的詳細分析顯示在眼眶、牙齒和頭蓋骨附近有極細微旋轉劃痕，很明顯這種切割打磨技術源自一種叫做“旋轉輪”的珠寶加工設備，而古瑪雅人並未掌握這種加工技術，這種工具在前哥倫布時代的美洲大陸上根本不存在。
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研究人員推斷這些水晶頭骨是在歐洲加工製造，其材料是巴西無色水晶。很可能是這些水晶頭骨製造完成後以古瑪雅阿芝臺人的神祕遺物出售給收藏家，目前許多博物館都取消了水晶頭骨展示，對其來源產生置疑，認爲它並不具備考古研究價值。
有趣的事實：13個神祕水晶頭骨在世界各地散佈着，其中最着名的一顆水晶頭骨就是“末日頭骨”。1924年，這顆水晶頭骨被安娜-米切爾-海吉斯(Anna Mitchell-Hedges)持有，她是從養父——英國探險作家F.A-米切爾-海吉斯(F.A. Mitchell-Hedges)那裏繼承的。
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據安娜稱，這顆水晶頭骨的歷史可追溯至3600年前，頭骨的眼睛可以釋放出藍色光芒，當它擺放在計算機旁時，曾多次導致計算機硬盤“崩潰”。目前，這顆水晶頭骨從未接受任何實驗檢測，原因是現持有人並不允許這樣做。
