康熙早年英明神武，但是晚年卻有些保守寬慫。康熙中葉以來，土地兼併嚴重，貪官橫行。
一個漕運坐糧廳的下級官員勒索運丁，十年就得到四十萬兩銀子。戶部堂司官百餘人，受買辦草、豆商人的“饋送”，十年來也能得髒銀七十多萬兩。
這種情況，在“天高皇帝遠”的臺灣府顯得更加嚴重。一甲土地徵谷八石八斗，折現銀二兩六錢四分多，比內地高出一倍以上。人民交了沉重的賦稅，還要遭到另加“火耗”、“貼水”以及兌換紋銀方面的額外盤剝。
此外，駐守臺灣的不法官員，除敲詐勒索之外，又禁止人民輸入鐵器、禁止人民採伐樹木、禁止結社並殘酷逮捕和屠殺。
官逼民反，從古自今都是這個理。所以在康熙六十年，臺灣人民在起義軍領袖朱一貴領導下，揭竿而起了。
朱一貴原本是福建漳州人，迫於討生活壓力，才和父親一起漂流到臺灣。到臺灣後，朱一貴充當臺廈道的轅役，不久被當局解僱，後來靠養鴨度日。朱一貴訓鴨有方，早晚鴨羣編隊出入，當地人很是佩服。
他又非常樂善好施，對於窮困路人、草澤莽夫，也都宰鴨煮酒、款待和留宿。因此人們稱他爲“小孟嘗”，對他十分愛戴。
和朱一貴相反，臺灣當地官吏卻異常苛暴。比如臺灣知府王珍，整天不理政事，政事都交給自己的二個兒子操辦。康熙六十年，王珍父子大打出手，搜捕了幾十個祕密結社的人，還殺死了幾百名違禁砍伐竹、木的羣衆，一時激起了民憤。
四月，莊民黃殿等來到朱一貴家中，說：“如今當官的只知道吃喝玩樂，政亂刑重，正是該舉事的時候了。”因爲一貴姓朱，大家便讓他假冒明朝後裔來號召羣衆。
於是李勇等五十二位首領，擁了一貴，來到黃殿的莊中，豎起紅旗，旗上寫着“大元帥朱”的字樣，宣佈起義，一時聞風趕來的，有數百人。當夜就攻下崗山汎。
臺灣總兵歐陽凱，派右營把守周應龍領兵鎮壓。周應龍戰戰兢兢，兩天才走二十里，在檳榔林被起義軍擊敗。起義軍敗了官軍，聲勢大振，臺南人民也在杜君英率領下舉行了起義。
躲在二濫的周應龍慌了手腳，下令全體官兵，殺一義兵，賞銀三兩;殺一義軍首領，賞銀五兩。官兵爲了圖財，紛紛濫殺老百姓充數，這更激起了廣大人民的反抗。
五月二十六日，朱、杜合兵數萬後，猛衝春牛浦，殺得清軍落花流水。清軍守備、千總、把總死了大半，不少還被活捉。副將許雲被擊得遍體鱗傷，左手也被砍斷。總兵歐陽凱也被歸順起義軍的白總楊泰刺死。從黎明到中午的戰鬥，起義軍盡殲清軍，並佔領臺灣府。
五月二十八日，起義軍將領擁立朱一貴爲中興王，建號“永和”。朱一貴頭戴通天冠，身着黃袍玉帶，在鐘聲中登高臺受賀，並大封羣臣(國師、太師、國公、將軍、侯、都督、尚書等)，一仿明朝政體，堪稱國中之國，與大陸大清朝分庭抗禮。
朱一貴起義，傳到了大陸，大清朝廷聞訊大驚。閩浙總督滿保，立刻派福建水師施世驃、南澳總兵藍廷珍率兵一萬二千、大小船艦六百隻前去鎮壓，戰鬥異常慘烈。戰鬥一直持續到七月三十日，朱一貴及其手下猛將翁飛虎被土豪楊雄、楊旭擒拿住送往藍廷珍大帳。
見到藍廷珍，一貴昂首挺胸，不肯下跪，當衆就被打折了腿。一貴還是不屈服，且對飛虎說：“大丈夫死忠義耳!”飛虎答道：“敢不免從!”
兩人後被押送到北京斬首。朱一貴犧牲後，小股義軍仍堅持鬥爭，戰事一直持續到雍正四年結束。
