公元1368年，朱元璋在擊敗陳友諒和張士誠等農民起義軍後，建立了大明王朝，經過數十年的悉心治理，大明王朝已經從元末的戰亂中恢復過來，此時的朱元璋最放心不下的就是自己的皇太子朱允炆，朱允炆雖然博學多才，但骨子裏卻善良軟弱，相比朱允炆的善良軟弱，朱棣卻是野心勃勃，而且在跟隨自己打天下的過程，朱棣也是戰功赫赫，雖然自己在位的時候朱棣會臣服於自己，但是一旦自己死後，朱允炆將很難鎮住朱棣，爲了爲朱允炆的皇位清除障礙，朱元璋在臨死前特意爲朱允炆留下了一道密詔。
在密詔中，朱元璋說了這樣九個字：“削藩王，保天下，誅朱棣”，朱允炆看了看密詔的內容，甚是疑惑，朱棣可是自己的叔老子啊!朱元璋爲什麼讓自己誅殺自己的叔老子呢?對於生性軟弱的建文帝來說，想讓他殺掉朱棣比登天還難，曾有大臣勸諫朱允炆及時除掉朱棣，但是朱允炆卻猶豫了，而朱允炆也將爲他的仁慈付出代價。
朱允炆即位，爲鞏固權威，採取齊泰、黃子澄的建議，下令削藩。這惹怒了朱棣，於是朱棣以齊泰、黃子澄爲奸臣，必須勤王剷除爲由，提出“清君側”的口號，發動了“靖難之役”，篡奪了帝位。
洪武三十一年，朱元璋駕崩，皇太孫朱允炆即位，是爲建文帝，號明惠宗。由於朱元璋已死，建文帝最大的依仗就沒有了，所以紛紛蠢蠢欲動，欲奪權篡位。而建文帝也不能小看，一上任，首要就是削藩降權，將他的那些叔叔全部打下馬了，除了燕王朱棣。
幾十年的培植，加上朱棣本就不是庸人腐儒，所以權勢可說滔天，忠心者爲數衆多。所以建文帝就只能將他“派駐”塞外，以此來架空他的位子。這一行爲將燕王朱棣激怒了。隨即，朱棣決心反君。
朱元璋還在位時，恐權臣篡位，爲保朱氏江山，規定藩王有剷除奸臣和舉兵清君側的權利，並在其所著在《皇明祖訓》中說：“朝無正臣，內有奸逆，必舉兵誅討，以清君側。”朱棣深諳其道，便也以此爲理由，栽贓指齊泰、黃子澄爲奸臣，必須討伐誅奸。美其名曰“靖難”，這也是歷史上著名的朱氏皇家內亂“靖難之變”。
朱棣上位後，因其多年戎馬生涯，脾性暴躁，用了與朱允炆截然不同的方式鞏固權威，那就是大殺四方。不僅將一開始就作爲“誅奸”的目標黃子澄五馬分屍，還將齊泰株連九族。凡是朱允炆的舊部忠臣一個都沒放過。
且朱棣在對付這些擁護朱允炆的權臣上，手段可以說是無所不用其極，生煮、油炸、剝皮、炮烙........很多當時極有聲望的權臣都橫遭慘死。比較有名的就是方孝孺了，可以說是史上被皇帝“誅十族”第一人。
說起來，這個方孝孺雖是大儒，但也是腐儒，朱棣是再三容忍方孝孺的，並且還多次提醒他要回避。但是方孝孺不肯，頂針到底，於是朱棣大怒，下令株其十族，還讓方孝孺在旁看着，連殺三天三夜。方孝孺本宗、妻子一系，朋友學生847人盡被誅殺，而方孝孺依然臉色不變，最後被朱棣凌遲了。
誅十族的先河開了之後，第二個被誅十族的也來了，他就是景清，因爲想要刺殺朱棣敗露，被朱棣誅十族，最後剝皮楦草。而兵部尚書鐵鉉也慘遭油炸。可以說朱棣手段殘忍至極，並且對待女子也絲毫不手軟。
據傳說，朱棣有一寵妃權氏，是朝鮮高麗王進貢的美女，能歌善舞，豔麗非常，朱棣寵而愛之，時常帶在身邊，就連出徵也隨身帶着。不料永樂八年，權氏隨朱棣率兵北征，死於歸途，朱棣痛淚。
班師回朝後，被宮人告知是宮中呂妃命人用砒霜害死了權氏。朱棣怒極，也不糾察事實，興師問罪，直接將呂氏活活烙死，受呂氏牽連，親朋好友宮女株連數百人。永樂十八年，原本要被朱棣冊立皇后的王貴妃暴卒，朱棣傷心欲絕。恰巧此時，又被密報宮妃賈呂同魚氏私通宦官，朱棣大怒，下令徹查，竟然就出了多年前他們陷害宮妃呂氏的祕聞。隨後，賈呂、魚氏自殺，朱棣猶怒，下令鞭屍。
因爲牽扯太廣，況且還間接說明了十年前處死呂氏是朱棣昏庸。餘怒難消的明成祖便揪出宮中宦官拷問，這羣人被逼急，大罵朱棣“性無能”，這下是真把朱棣惹急了，牽連了宮內3000多名侍女內官，多數還是屈打成招的，並且全部被活剮。
朱棣登位後，將忠於建文的諸臣剝皮的剝皮，下油鍋的下油鍋，把他們的女眷罰到教坊司當官妓，實行殘酷的“轉營”，即輪流送到軍營中去，一個女子每一日一夜要受二十餘男子的凌辱，情況還要經常報告朱棣，有被摧殘至死的，朱棣就下聖諭將屍體喂狗吃了，這手段可謂是殘忍至極。朱棣在位期間一直都在找機會洗白自己，但所做的事情天下有目共睹，這也成了他的終身遺憾。
朱允炆就兩個兒子，全是原配所生。長子朱文奎出生後，太爺爺朱元璋說:"日月皆終，大凶之象。"所以很不待見這個重孫。朱允炆登基後，嫡長子朱文奎被立皇太子。建文四年，朱允炆被搞下臺後，與其父朱允炆一起失蹤，時年7歲。
女兒江都郡主下嫁長興侯耿炳文之子耿璿;宜倫郡主和南平郡主也沒有受到株連，安然下嫁;還有一女沒有過多記載。
之前，九門君寫過一篇玄武門事件後，李建成與李元吉的妻子兒女下場如何?自古帝王之家以“子”爲尊，可是往往在政治博弈中喪命的，也是“子”。而那些女兒們，由於沒有政治威脅，卻往往能壽終正寢。
在朱棣攻克南京之火，當時的皇帝朱允炆就不知所蹤，馬皇后自焚而死。朱允炆的大兒子也消失不見，只有他的小兒子朱文圭。朱棣當時見到朱文圭時他只有兩歲，也許是見了太多的殺戮，朱棣將朱文圭長期幽禁於中都(鳳陽)廣安宮。
到了明朝，明英宗通過奪門之變復辟之後，對同樣被幽禁的朱文圭動了惻隱之心，不忍心再囚禁他，想要把他釋放了。一天他跟李賢說：“親親之意，實所不忍。”李賢對此大加讚賞。明英宗當天即奏請太后，英宗身邊的人擔心放出朱文圭會出變故，明英宗表示“有天命者，任自爲之”。英宗還下令在鳳陽爲朱文圭修建房屋，任其自由出入，還給他娶妻，以續其子，並派人照顧他的生活起居。
“釋建庶人之系”，這一舉動也被視爲明英宗的明智行爲之一。英宗派遣太監牛玉到鳳陽告訴建庶人，建庶人聽說後，且悲且喜，表示沒有料到聖恩如此。建庶人被放出時已經五十六、七歲了，由於朱文圭自小便受到囚禁而無法和外界接觸，所以被釋放時連牛馬都不認識，不久便死去。到了南明年間，朱文圭被追諡爲潤懷王。
朱允炆的父親朱標早亡，留下了6個兒子，4個女兒。長子虞懷王朱雄英早夭;次子就是建文帝朱允炆;三子吳悼王朱允熥、衡愍王朱允熞被明成祖廢爲庶人並囚禁;五子徐簡王朱允䐤死於那場大火，六子早夭，無爵、無諡號。其中4、5、6子與朱允炆是一母同胞。
