義和團由山東、直隸一帶的義和拳、民間祕密結社和練拳習武的組織發展而來。
組織結構
成員
義和團的成分極爲複雜，既有貧苦農民、手工業者、城市貧民、小商販和運輸工人等下層人民，也有部分官軍、富紳甚至王公貴族，後期也混雜進了不少流氓無賴，“上自王公卿相，下至娼優隸卒，幾乎無人不團”使得義和團的組織極爲鬆散，不利於集中力量打擊敵人。
據陳貴宗《義和團的組織和宗旨》所說，義和團的組織大致分爲：
1.壇，是義和團的基層單位，又稱壇口，也有“廠”、“爐”、“團”、“公所”等稱呼。首領一般稱大師兄。
2.總壇，設天津“坎”字總壇。爲壇的上一級單位。
3.門或團，爲總壇的上一級單位。義和團按照八卦方位分爲八門(團)，如“乾字門(團)”、“巽字門(團)”等。
4.義和團，是由所有義和團員共同組成的一個鬆散組織。
此外，義和團還有“紅燈照”“藍燈照”“黑燈照”(寡婦組成)花燈照(妓女組成)等婦女組織
義和團內部又可分爲官團，私團與假團。
所謂官團是指接受清廷的招撫，向清政府掛號，接受清廷官員的統率，領取其糧餉。官團得到清政府的承認，聽從其調遣。承認官團是清廷控制義和團的手段。
私團則大多系團民自發組織，帶有很大的獨立性。自行設壇或從事“滅洋”鬥爭。
假團則有其複雜性，一般說來，義和團是一個幾乎人人可以加入的鬆散的組織，但實際上，有很多義和團組織被清政府以“僞團”，“假團”的名義鎮壓。“假團”分兩種情況，一是不服從清政府的統治並對其構成威脅，因而被消滅，是其鎮壓和消滅義和團的藉口。二是部分不良分子甚至教民假扮義和團橫行不法，前者如“素不安分之徒，或投壇附和，或仿效裝束，魚肉良善。” (《天津一月記》)後者如“奉教者皆扮成假義和拳會，各處尋仇殺人，北京西城尤多”(《義和團運動史料叢編》)“直北一帶，天主教民往往效拳匪服色，四出行劫。有被獲者，自稱義和團，則地方官即釋之。”(《庚子記事》)。
首領
閻書勤(1860—1900)，冠縣飛地梨園屯(今邢臺市威縣)人，領導了冠縣起義。
趙三多(1841—1902)，領導過冠縣起義，打出“扶清滅洋”的旗幟，義和團失敗後參加景延賓起義而在此過程中殞命。
朱紅燈(?—1899)，領導過平原起義，擊敗縣令蔣楷，在森羅殿戰鬥中戰敗，後被捕處死。
林黑兒(?—1900?)，自稱“黃蓮聖母”，是紅燈照的領導者，天津失陷後被俘，不知所終。
王立言(?—1899)，山東義和團主要首領之一，朱紅燈死後在山東堅持戰鬥，後失敗被殺。
倪贊清(1862—1902)，字翼臣，組織和指揮了著名的廊坊大捷。
曹福田(?—1901)，天津義和團首領。在老龍頭火車站與八國聯軍激戰。
張德成(1846—1900)，在獨流鎮創建“天下第一團”，後率部赴天津與聯軍戰鬥。
劉呈祥(1881—1900)，別號劉十九，1900年19歲時在天津西郊高家莊設乾字壇，後在天津打擊八國聯軍，天津失陷後仍堅持戰鬥。
景廷賓(1861-1902)，直隸廣宗人，1902年4月同趙三多等在鉅鹿廈頭寺領導起義，改旗號爲“掃清滅洋”，7月失敗被殺。
失敗的根本原因：義和團運動的領導階級是農民階級，基本羣衆是農民和小手工業者，提不出切合實際的革命綱領。最初，他們是以“反清復明”爲宗旨，屢遭清政府的鎮壓。在嚴重的民族危機面前，義和團把鬥爭的矛頭直指帝國主義，提出了“扶清滅洋”的口號。由於農民階級的侷限性，沒有先進階級的領導，以慈禧太后爲首的清政府，爲了躲開義和團運動打擊鋒芒，被迫採取假宣戰，真投降的欺騙手法，對外投降帝國主義，對內鎮壓義和團運動，使義和團處於內外夾攻的境地。 在國內外敵人的夾擊下遭到了失敗。
客觀原因：清朝與國外聯軍剿殺。
主觀原因：“扶清滅洋”中的“扶清”使義和團喪失了應有的警惕，盲目的排外。
紀律
義和團有自己的一套紀律，既有官方頒發的十條團規，也有自己獨特的規定，如“毋貪財、毋好色、毋違父母命、毋犯朝廷法，殺洋人、滅贓官，行於市必俯首，不可左右顧，遇同道則合十”等。
這些戒規在初期得到了較好的遵守，當時有人的記載就說明了這個問題：“看其連日由各處所來團民不下數萬，多似鄉愚務農之人，既無爲首之人調遣，又無鋒利器械;且是自備資斧，所食不過小米飯玉米面而已。既不圖名，又不爲利，奮不顧身，置性命於戰場，不約而同，萬衆一心;況只仇殺洋人與奉教之人，並不傷害良民;以此而論，似是仗義”(《庚子記事》)，有時義和團甚至擔負起維持治安的責任，如“ 刻有聶軍門(聶士成)所統之武衛軍兵多人，皆持器械，向各處搶奪。經匪首曹福田拿獲二十餘人，皆殺死。”(《天津拳匪變亂紀事》)。
義和團運動後期，由於成員日益複雜，出現了許多違法亂紀的現象，但連後來的清政府上諭也不得不承認“……淶涿拳匪既焚堂毀路，亟派直隸練軍彈壓。乃該軍所至，漫無紀律，戕虐良民，而拳匪專持仇教之說，不擾鄉里，以致百姓皆畏兵而愛匪，匪勢由此大熾，匪黨亦愈聚愈多” 對義和團後期紀律敗壞的記載：“城中日焚劫，火光連日夜……夙所不快者，即指爲教民，全家皆盡，死者十數萬人。其殺人則刀矛並下，肌體分裂，嬰兒生未匝月者，亦殺之殘酷無復人理”，“京師盛時，居人殆四百萬。自拳匪暴軍之亂，劫盜乘之，滷掠一空，無得免者。坊市蕭條，狐狸晝出，向之摩肩擊轂者，如行墟墓間矣。”“義和團之殺教民毛子也，京西天主堂墳地，悉遭發掘，若利瑪竇，龐迪我，湯若望，南懷仁諸名公遺骨，無一免者。勝代及本朝御碑，皆爲椎碎。保定屬有張登者，多教民，
教案事件
同治元年(1862年)，江西巡撫沈葆禎爲教案事曾派員到民間密訪，問起民衆爲什麼要與教士拼命，民衆回答說：他們要奪我們本地公建的育嬰堂，又要我們賠他許多銀子，且叫從教的人來佔我們的鋪面田地，又說有兵船來扶制我們。我們讓他一步，他總是進一步，以後總不能安生，如何不與他拼命?可見，教方妨害其生計的侵略活動，是迫使他們起來反抗的最直接原因。由於民受害最深，抗爭也就最堅決。當查訪者問及“教方真的有兵船來，難道你們真的與他打仗嗎?”民衆回答說：目下受從教的侵凌也是死，將來他從教的黨羽多了，奪了城池也是死……橫豎總是死。他不過是炮火厲害，我們都拚着死，看他一炮能打死幾個人。只要打不完的，十個人殺他一個人，也都夠了。
德國聖言會傳教士安治泰說：“哪裏有教民，哪裏就發生詞訟。”
備受教案困擾的曾國藩在奏摺中寫道：“凡教中犯案，教士不問是非，曲庇教民;領事亦不問是非，曲庇教士。遇有民教爭鬥，平民恆屈，教民恆勝。教民勢焰愈橫，平民憤鬱愈甚。鬱極必發，則聚衆而羣思一逞。”
張汝梅在處理完大刀會案件後指出，教民“一經入教，遂以教士爲護符，凌轢鄉黨，欺侮平民，睚眥之仇輒尋報復。往往造言傾陷，或謂某人毀謗洋教，或指某人系大刀會匪，教士不察虛實，遂欲怵以兵威。不知教士之勢愈張，則平民之憤愈甚”。
袁世凱儘管極端仇視義和團運動，然對於民教相爭一節，仍不得不坦陳“東省民教積不相能，推究本源，實由地方州縣各官，平時爲傳教洋人挾制……往往抑制良民……而教民轉得借官吏之勢力，肆其欺凌，良民上訴亦難伸理。積怨成仇，有由然也。”
1861年恭親王奕訢奏：“傳教士每以民間瑣事前來干預，致奉教與不奉教之人訴訟不休。……奉教者必因此倚恃教衆，欺侮良民……爲地方官者，又或以甫定和給，惟恐滋生事端，遂一切以遷就了事，則奉教之計愈得，而不奉教者之心愈不能甘。”
