元末大亂，紅巾軍起事，迅速蔓延全國，各地被分封的元朝諸王，以及遷徙內地的蒙古人、色目人、欽察人，都被起義軍全部殺光，元初分封內地的幾十個諸侯王，全部破家滅門，忽必烈分封在中原的後裔，幾乎被滅絕
公元1451年，蒙古太師也先擊敗脫脫不花大汗，全殲汗廷人馬，俘虜大汗全部妻女，脫脫不花逃亡到岳父郭爾羅斯部首領沙布丹處，卻被沙布丹擒殺，出賣親哥哥的阿巴噶爾濟也被也先卸磨殺驢，在宴會中連同護衛諸子一起殺光。緊接着，爲了消除潛在威脅，也先開始政治大清洗，歷時一年，“凡故元頭目苗裔無不見殺”，死者數十萬，幾乎將忽必烈直系子孫斬殺殆盡，只有脫脫不花大汗的三弟滿都古勒因逃到合赤溫後裔領地得以活命。經過200年生息繁衍的成吉思汗留在漠北的黃金家族子孫，如今被連根拔起。
一切的障礙都已經排除，1453年夏，也先宰殺五頭黑牛，九匹白馬祭天，自立爲汗，稱爲“大元天聖可汗”，年號“天元”。他終於完成了祖父和父親都沒能完成的心願，成爲蒙古歷史上第一位非黃金家族的可汗。當然，他不會想到，自己也是最後一位。1年後，也先因爲荒於酒色，恃強益驕，致其衆日益離心，走散大半。景泰五年(1454)，也先在外出遊獵途中，爲部下阿剌知院知院等率領3萬騎兵攻殺，瓦剌勢衰。
只可惜。成吉思汗子孫黃金家族的厄運並沒有結束，公元1634，東北林海雪原裏崛起的後金攻滅蒙古察哈爾部，最後一位蒙古可汗林丹汗在逃亡途中病死於甘肅大草灘，次年，林丹汗之子額哲與母親蘇泰走投無路，“遂歸降後金”。那塊世代相傳的傳國玉璽，終於落到了皇太極手中。429年的蒙古帝國，364年的元朝，267年的北元，至此終結。作爲亡國之君的林丹汗，也“享受”到了應有的恥辱，自己的八個妻子，全部被皇太極及其兄弟、臣子瓜分。1636年三月，漠南蒙古十六部49個大小領主齊聚盛京瀋陽，承認皇太極爲汗，並奉上“博格達·徹辰汗”的尊號。同年，皇太極即皇帝位，改國號爲“清”，改元崇德。
清朝的皇帝們對於投降者，倒是從來不吝嗇懷柔之賞，額哲投降後被封爲親王，“位冠四十九旗貝勒之上”。1661年，額哲死，其弟阿布奈襲親王爵位。阿布奈對於清朝甚爲輕視，長達八年“不一朝請”，對於清朝公主爲自己所生的兒子也不親自撫養，連皇帝賞賜禮物時，都“不親身一問”。這種無視皇權的行爲，終於讓康熙皇帝不能容忍，1669年將他拘押於盛京瀋陽。同年9月，阿布奈長子布爾尼襲位，年方十六歲，比其父更輕視清朝皇帝，認爲自己“即大元之後也，雖附於大國，由有帝號”。1673年12月，“三藩之亂”爆發，一時間海內喧騰，天下大亂。一直在暗中訓練兵馬的布爾尼與其弟羅布藏等原察哈爾貴族看到有機可趁，於1675年起兵反清。三藩在南，察哈爾在北，一個旗號”反清復明”，一個號召“光復大元”，康熙皇帝的鬱悶可想而知。
三藩還遠，而察哈爾與帝國心臟北京近在咫尺，必須儘快解決。康熙迅速以信君王鄂扎爲撫遠大將軍，大學士圖海爲副將軍率軍鎮壓。布爾尼原以爲自己高舉大旗，蒙古各部都會望風而來，豈料各部歸順清朝40餘年，早已經“親如一家”，無人前來響應。孤立之下，率所部3000人與清軍交戰，寡不敵衆而敗，布爾尼兄弟逃走，不久便被追及殺死。
平定布爾尼叛亂之後，盛怒的康熙皇帝，將拘押在盛京的阿布奈絞殺，察哈爾汗室所有男性成員都被處死，並盡殺投降滿清的所有北元皇室成員，不管參與叛亂與否，死者數千，傳承400多年的蒙元皇室，自此滅絕。
