蒙古於高麗置徵東行省，全稱徵東等處行中書省，由元朝直接統治。在王京(今朝鮮開城)設達魯花赤管理徵東事務及監管高麗國政;保留高麗原有政府體系，“從其國俗”、“自奏選屬官”，丞相由高麗國王兼任。此外，遷於遼陽行省瀋州的“高麗軍民總管府”主要負責高麗僑民事務;設於黑龍江下游奴兒干的“徵東詔討司”負責骨嵬*、吉里迷等族事務;設於耽羅島上的“耽羅軍民總管府”負責防倭和高麗海外僑民事務。元朝直接統治的“高麗軍民總管府”“徵東詔討司”“耽羅軍民總管府”設有參知政事管理。
至元十一年(1274年)五月，忽必烈將女兒忽都魯潔麗米斯嫁給高麗王子，六月，高麗老王逝世，王子繼位。翌年，應忽必烈要求，高麗新國王改變了所有與元朝相類似的省、院、臺、部等官職名稱，派遣20名貴族子弟前來“入侍”元朝。
至元十七年(1280年)夏，元朝在高麗創設驛站，加封高麗王儲爲開府儀同三司和行省左丞相。第二年，元朝在高麗徵發軍士、水手25,000人，戰船900艘，參加侵日戰爭。高麗民衆不堪其擾。至元十九年(1282年)，日本侵擾高麗沿海，在高麗國王請求下，元軍駐防金州。第二年，元朝正式在高麗設置徵東行中書省，以高麗王與元軍將領阿塔海共領行省事。至元二十一年(1284年)，忽必烈將耽羅劃歸高麗。
大德三年(1299年)，元成宗鐵穆耳大帝命闊裏吉思爲高麗徵東行省平章事，因闊裏吉思對高麗內政橫加干預，引起高麗人民的極大憤慨。1301年，成宗被迫撤銷行省建置。然而，直至元末，高麗的內政與外交均受到元朝的控制。
1280年元朝爲了進攻日本在朝鮮半島設置徵東行省，在高麗首都派遣“達魯花赤”控制高麗國政，高麗國王只能住在江華島上。1281年隨着進攻日本失敗曾一度解散徵東行省，1287年復設徵東行省，並以高麗王兼任徵東行省達魯花赤，成爲元朝的藩屬國，直到1356年恭愍王回覆時高麗朝廷才重新掌握統治權。
自從高麗元宗的世子忠烈王娶忽必烈的女兒爲妻後，以後的高麗君主直到高麗恭愍王都是娶蒙古公主爲妻。高麗君主繼承人按照約定，必須在元大都以蒙古人的方式長大成人後，方可回高麗。
此後高麗活在蒙古的殖民統治之下近百年。
