1399年8月，燕王朱棣誓師抗命，下諭將士，打着“清君側”旗號起兵“靖難”。史稱“靖難之役”。朝廷和燕王之間開始了一場血腥的、持續三年的軍事對峙。在叛亂開始的時期，燕王尚不佔兵力上的優勢。他的軍隊只有十萬人;除了他的封地北京之外他也沒有能夠控制任何其他領土。南京的建文朝廷有一支三倍於燕王軍隊的常備軍，擁有全國的經濟，並且已經廢除了幾個藩國。但燕王的領導能力、高素質的軍隊卻非朱允炆可比。隨着戰爭時間的延長，朝廷指揮不當、兵力孱弱、內部鬆懈的缺點嚴重影響了戰局。直至節節敗退，許多將領投降了燕王。
建文朝廷曾從朝鮮輸入許多戰馬，想以此增強它的戰鬥力，因為朝鮮國王李芳遠公開表示支持朱允炆打燕王。但是這些辦法未能影響一敗塗地的戰爭結局。
建文四年六月，燕軍渡江直逼南京城下，谷王朱橞(huì)與曹國公李景隆開金川門迎降，京師遂破。燕兵進京，在燕王軍隊抵達後的一場混戰中，南京城內的皇宮大院起了火。當火勢撲滅後在灰燼中發現了幾具燒焦了的殘骸，已經不能辨認，據太監説它們是皇帝、皇后和他的長子朱文奎的屍體。
朱棣登位後，將忠於建文的諸臣剝皮的剝皮，下油鍋的下油鍋，把他們的女眷罰到教坊司當官妓，實行殘酷的“轉營”，即輪流送到軍營中去，一個女子每一日一夜要受二十餘男子的凌辱，情況還要經常報告朱棣，有被摧殘至死的，朱棣就下聖諭將屍體喂狗吃了。
但朱允炆的下落終成為一件懸案。誰也不能肯定他是否真的被燒死了;後來對他的帝業抱同情心的歷史學家們都説他喬裝成和尚逃離南京。當時官方的記載當然只能説皇帝及其長子已死於難中;否則，燕王就不可能名正言順地稱帝了。朱允炆最後的真正命運仍然是一個謎。
