奉命出家
韋小寶返回北京，向康熙報告了順治出家一事，本望皇上重賞，誰知康熙在誇讚一番後竟命他赴少林寺出家，朝夕之間十幾歲的韋小寶竟成了與年過八旬的少林寺方丈同輩的“晦明禪師”。“高僧”在寺中窮極無聊，便要生事，他縱酒狎妓，屢犯戒律，把一個千年古剎、佛門靜地搞得烏煙瘴氣、亂七八糟。
一天，韋小寶出寺閒逛，竟碰到美女阿珂和阿琪在水中嬉戲，韋小寶對阿珂的美貌迷惑，發誓要娶她爲妻，韋小寶從她們的談話中得知她們是要找她們的師父，扮做小神仙給阿珂姐妹佔起卦來，韋小寶說出她們的去向，阿珂阿琪信以爲真來少林寺找師父，卻和少林寺小和尚淨濟打了起來，韋小寶也加入戰團，無意之間抓了阿珂胸部一把，阿珂受辱割頸自刎。後韋小寶把阿珂抱回寺中，治好了她的傷，後韋小寶解開阿珂穴道卻被阿珂刺傷。阿珂逃出寺廟，韋小寶傷心意絕。
阿珂師姐阿琪帶着蒙古王子葛爾丹一行人來少林寺挑釁，要少林寺交出阿珂，吳三桂手下的楊溢之認出了韋小寶是桂公公，替他圓場化解了矛盾。韋小寶以他的聰明才智，令葛爾丹等人知難而退，只好離去。
後來韋小寶到山下接到雙兒一起前赴五臺山清涼寺，五臺山的清涼寺被數千名道士包圍，目的是活捉行癡大師(順治帝)，小寶只好施行金蟬脫殼之計，假扮道士帶行癡等人逃離清涼寺，半途碰到趕來微服出行的康熙。順治經不起康熙的苦苦哀求，父子終於相認。
拜師九難
康熙在殿內參拜時，卻遭來九難刺殺他，幸得小寶捨命相救，被九難劫走。小寶爲了脫身，再次利用刺殺鰲拜之事說服九難。九難帶小寶去京城，二人進入皇宮，九難沒想到竟碰上昔日的宮女陶紅英，原來九難師太就是長平九公主。後來二人在慈寧宮得到了一本四十二章經。
後來九難帶着小寶來到崇禎陵墓，韋小寶沒想到竟和阿珂在這裏又相見了，還是九難師太的徒弟，韋小寶故意裝做無辜可憐讓阿珂責罵，九難看阿珂得寸進尺，制止阿珂來維護小寶，令阿珂非常生氣。九難卻因經書遭來喇嘛的追殺，小寶略施小計刺死三名喇嘛，不過九難已身受重傷。韋小寶帶阿珂、九難逃走，在途中巧遇阿珂的朋友鄭克塽，鄭克塽說自己是臺灣鄭家二公子，更邀請九難共同赴河間府出席“殺桂”大會，九難答應和他一路同行。
喇嘛頭巴顏追到酒館發現九難傷勢還未復原，要她交出四十二章經，小寶將蒙汗藥撒在酒中乘機逃走。躲進了草垛之中，韋小寶捉弄鄭克塽卻被趕來的巴顏抓住，阿珂出面相救鄭克塽，韋小寶無奈只好爲了阿珂出面和這羣喇嘛玩起了智鬥，這羣喇嘛敗在小寶手下，小寶戲弄喇嘛，將空皮四十二章經撒上化屍粉扔給喇嘛，喇嘛中計被化屍，巴顏抱着空經書離去，九難感激小寶讓她避過了這一劫，小寶爲求接近阿珂，趁機請九難收他爲徒，九難欣然答應。鄭克塽帶着阿珂去參加“殺桂”大會，卻讓韋小寶不開心，九難師太看出韋小寶的心事，帶他到樹林中傳授武功“神行百變”。
韋小寶跟蹤鄭克塽和阿珂，卻被阿珂責罵，韋小寶痛狠鄭克塽之極，可無能爲力，碰巧遇見來找他的多隆和一羣侍衛，韋小寶借多隆之手痛打鄭克塽，又乘機賣弄英雄救美的本事。而後又上演了一出“高老莊成親”，撮合鄉下醜女和鄭克塽成親，自己又和阿珂成親。後來，受九難之託，韋小寶回京了。
