明末鼠疫，又稱明末華北鼠疫、京師大瘟疫、明末大鼠疫、疙瘩瘟，是指明朝崇禎帝在位期間中國北方出現的大鼠疫。
明代中期以後中國進入了一個空前少雨的年代，出現全國性的大旱災。萬曆、崇禎年間，旱災變得越來越頻繁，大旱之年的比率也在增加。波及華北數省的大鼠疫首先在山西爆發。
明末大鼠疫開始於崇禎六年(1633年)，地點是山西。崇禎十四年傳到河北，並隨着李自成和清朝的軍隊傳到更多的地區。崇禎十四年(1641年)，鼠疫傳到北京，造成北京人口的大批死亡。
明末鼠疫這場大鼠疫使得“街坊間小兒爲之絕影，有棺、無棺，九門計數已二十餘萬。”北京在1643年的8月到12月間，保守估計死亡人數已高達全城的五分之一。所以當次年的4月，李自成攻進大明帝國的都城北京時，他面對的是一座“人鬼錯雜，日暮人不敢行”的死城。
上海交通大學歷史學系教授曹樹基根據華北地區明朝末年地方誌以及一些明代人的記錄，在其論文《鼠疫流行與華北地區社會的變遷》中，首次提出了明末席捲華北地區的瘟疫實際就是鼠疫。近十年之後，他與李玉尚合著《鼠疫：戰爭與和平》，對前期的研究做進一步的完善，提出了“老鼠亡明”的觀點。
異常寒冷的氣候頻繁引發水災、旱災、蝗災、鼠疫等，成爲波及全國範圍的大瘟疫，形成“水旱災——饑荒——瘟疫”的惡性循環,成爲明王朝崩潰的根本原因。
