努爾哈赤要求建州內部權力高度集中在自己手中，這就與建州女真原始氏族社會軍事民主的傳統發生了矛盾。努爾哈赤的弟弟舒爾哈齊，兒子褚英、代善……一個一個走上前臺，充當了一場又一場家庭悲劇和政治陰謀的主角。
努爾哈赤的非凡，在於他淡化了親人，表現出了“非人”。
胞弟囚死
努爾哈赤的第一個對手，是他的同母弟舒爾哈齊。
舒爾哈齊比努爾哈赤小四歲。兩兄弟相依爲命，共同，或者說是努爾哈赤拉着舒爾哈齊的小手，度過了苦難的童年。努爾哈赤起兵後，二十歲的舒爾哈齊始終是他得力的助手和衝鋒陷陣的勇將。史載他“自幼隨徵，無處不到”。
舒爾哈齊身高體胖，白白淨淨，四方大臉，給人一種自然的親和感。努爾哈赤則體態魁偉，無一絲贅肉，長臉鐵面，不怒而威，使人常生敬畏之情。
兩兄弟外貌、氣質多有不同，但卻同樣勇敢，善戰，堅韌不拔，特別是有着相同的雄心大志。
這一點，朝鮮使臣看出了端倪。他們在費阿拉城見到舒爾哈齊家大門上貼的殘聯，上聯剩“遠跡青山”，下聯剩“身居綠林”。
舒爾哈齊在其兄努爾哈赤治下要“身居綠林”，這意味着什麼呢?
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事實上，舒爾哈齊的權勢和地位已極爲顯赫。
努爾哈赤統一建州後，在費阿拉城“暗自稱王”，舒爾哈齊作爲努爾哈赤的佐貳，稱“船將”。
對外，他與努爾哈赤併爲建州女真“頭目”。明朝官書稱“都督努爾哈赤”、“都督舒爾哈齊”。朝鮮人稱“老乙可赤(努爾哈赤)”、“小乙可赤(舒爾哈齊)”，或“奴酋”、“小酋”。
舒爾哈齊與努爾哈赤居室的規模陳設幾乎相同，服色飾物一如其兄——都是貂皮帽、貂皮巾、金腰帶、貂皮緣飾的五彩龍紋衣，接見、宴賞外人的禮儀也完全相同，唯一的區別是“老乙可赤(努爾哈赤)屠牛設宴”，“小乙可赤(舒爾哈齊)屠豬設宴”。
史載，聰睿恭敬汗之弟舒爾哈齊系唯一同母弟，故凡國人、賢良僚友、敕書、奴僕，以及諸物皆同享之。
萬曆二十三年，舒爾哈齊第一次代表建州女真赴京朝貢。其時他麾下有精兵五千、能臣宿將四十，他本人因戰功卓著、頗得衆心，勢力已經可與努爾哈赤相抗衡。
舒爾哈齊的鋒芒外露，發展到爲努爾哈赤不能容忍的程度，藉端冷落、有意貶低舒爾哈齊的事情開始發生，舒爾哈齊家“凡百器不及其兄遠矣”。
努爾哈赤的猜忌和無端削奪，刺傷了舒爾哈齊對兄長的親情，也助長了他日益膨脹的權力慾。萬曆二十四年元旦，努爾哈赤設宴招待朝鮮使臣，舒爾哈齊當即提出他 “亦當接待”。如此，纔有了“兩都督府”的分別宴請。宴後，舒爾哈齊對朝鮮使臣正言道：
“日後你國遣使送禮，卻不可高下我兄弟。”
萬曆二十七年，努爾哈赤討伐哈達貝勒孟格布祿。舒爾哈齊率先鋒二千先抵哈達城下，見哈達城上城下軍容整肅，不免爲城中有備、是否出擊心生躊躇。
正在此時，努爾哈赤率大軍趕到，見舒爾哈齊陳兵城下，一矢未發，頓時勃然大怒。從未對弟弟疾言厲色過的他，竟當衆質問舒爾哈齊：“汝此來，難道是因爲城中無備嗎?!”並呵斥道：“汝兵向後，給我閃開!”
而後，親自揮軍攻城。六晝夜血戰，哈達城被攻破。
努爾哈赤付出了慘重的代價。不僅是上千建州勇士，還有，還有永遠失去的胞弟的心。
對弟弟舒爾哈齊的羞辱、貶斥，並非無端，也並非沒有借題發揮之嫌。舒爾哈齊的感受最爲真切。
後來，又發生了一件件雪上加霜的事。
萬曆三十三年(1605年)二月，舒爾哈齊之妻病故。由於明朝總兵李成樑的兒子李如柏納舒爾哈齊之女爲妾，李成樑與舒爾哈齊是兒女親家，李成樑命守備佟某置辦二十桌酒席，外帶牲畜前往弔祭。
舒爾哈齊與李成樑的交往，本是努爾哈赤對明兩面政策的組成部分，然而，在兄弟二人嫌隙日深的情況下，卻成爲對努爾哈赤潛在的威脅。況且努爾哈赤深知李成樑慣用“以夷制夷”的手段，他對舒爾哈齊的眷顧，是否說明他的離間術已經成功、舒爾哈齊之心已嚮明傾斜了呢?
萬曆三十四年十二月，舒爾哈齊第三次代表建州女真進京朝貢，明廷以“建州等衛夷人都督都指揮”的名義向他如例頒賞。或許正是那個時候，一個借明自立、分裂自立的危險念頭開始在舒爾哈齊的腦海中出現。
萬曆三十五年，在接應東海女真瓦爾喀部蜚優城部衆歸附一役中，舒爾哈齊充任統兵主帥，同行將帥還有努爾哈赤長子褚英、次子代善，及大臣費英東等。
行軍途中，舒爾哈齊突然藉口大纛(軍旗)發光，不是吉兆，提議班師回軍，經努爾哈赤之子褚英、代善力爭，隊伍才得以繼續前進。
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到達烏竭巖，舒爾哈齊領五百人滯留山下，他的兩名心腹驍將常書、納齊布率百人逗留不前，只有褚英、代善率領不足烏拉四分之一的兵力，拼死奮戰。
烏竭巖大戰是努爾哈赤統一大業的關鍵性戰役。
驍勇無敵的舒爾哈齊怎麼了?
如果不是因爲他與烏拉三次聯姻——在一向以婚姻爲政治手段的女真人首領(包括努爾哈赤本人在內)那裏，以此構成退縮不戰的原因基本沒有可能，那麼，他便是有意對抗!
努爾哈赤心如明鏡。他一面以絕大諷刺賜給舒爾哈齊“達爾漢巴吐魯”的勇號;一面以不爲力戰之罪，宣佈將常書、納齊布正法。
舒爾哈齊氣急敗壞，宣稱：“誅二臣與殺我同!”
努爾哈赤眼中閃過不易覺察的輕蔑，改罰常書金百兩、奪納齊布所屬部衆人口，並以“臨陣退縮，時有怨言”爲由，自此“不遣舒爾哈齊將兵”。
這纔是努爾哈赤要達到的真正目的：先將事情推到極致——要對方的命，而後在對方爲保命不惜接受一切條件時，達到真正的目的。
軍權被削，舒爾哈齊滿腹牢騷怨氣無從宣泄，從軍國大政到人財小事，繼續不斷與努爾哈赤口角相爭，甚至努爾哈赤命各部出役築城，他卻命屬下不赴工，要自築一城。
努爾哈赤不予理睬，僅冷冷拋給舒爾哈齊一句話：“弟所得家業及屬人僚友，非我等之父所遺留之屬人僚友，乃爲兄所賜耳。”
一方喋喋不休，近乎無理取鬧;一方不予理睬，儘管道理在手。
衆人心中好惡的天平，日漸傾向努爾哈赤。
舒爾哈齊愈益憋悶哀怨，浩嘆道：“此生有何可戀?不如一死!”
左不過是一死!借明勢力以分裂自立的想法又涌上舒爾哈齊心頭。他對三個兒子阿爾通阿、阿敏、札薩克圖說明原委，道：“吾豈能爲衣食所得而受制於人!”
長子阿爾通阿、三子札薩克圖立即迴應。他們在明朝軍事重鎮、鐵嶺東南八十里遠的黑扯木伐木造房，擬爲將來據點。因爲黑扯木地近明朝邊關，東接烏拉，北鄰葉赫，不僅可得到明朝就近庇護，還可藉助努爾哈赤之敵烏拉葉赫的聲勢，更可得到三次聯姻的烏拉的援助。
兄弟束甲相爭的可怕端倪。
正當舒爾哈齊祕密籌劃分裂自立的關鍵時刻，努爾哈赤突然命他以建州首領的身份入京朝貢。
也許出於直覺，也許純屬偶然，努爾哈赤這一決定，無疑是調虎離山
舒爾哈齊儘管心中一百個不願意，但無法推託，遂率領一百四十人的朝貢隊伍，第四次進京。
這一次，明朝以他爲建州右衛的代表。
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建州右衛首領的頭銜已經久違，此次再現，是明朝欲扶植舒爾哈齊、削弱努爾哈赤勢力的明白暗示。這恰與舒爾哈齊欲在黑扯木自立的想法不謀而合。
萬曆三十七年初，舒爾哈齊回到建州。他有恃無恐，與三子密謀投靠明朝、葉赫，隨即移居黑扯木。
二月，努爾哈赤得知消息，怒責舒爾哈齊，勸其歸來。
舒爾哈齊不聽。
三月十三日，努爾哈赤斷然剝奪了舒爾哈齊全部家產，殺死舒爾哈齊兩個兒子阿爾通阿和札薩克圖，將與此事有關的舒爾哈齊部將武爾坤，吊在樹上活活燒死。而後，仍餘怒未息，欲加刃於舒爾哈齊二子、四大貝勒之一的阿敏。代善、皇太極等諸兄弟極力諫止，阿敏方免於一死，但也受到被剝奪所屬人口之半的懲戒。
建州女真血濺蕭牆，明朝邊軍置若罔聞。
或許是憚懼努爾哈赤的精兵，或許是靜觀龍虎之鬥、欲得鷸蚌相爭之利，總之，明朝邊軍沒有像舒爾哈齊所希望的那樣出手干涉。
舒爾哈齊只有歸來，請安謝罪道：“兄汗優養恩深，弟卻妄想赴別處居住，實乃大謬大錯了。”
努爾哈赤並不多言，大度賜還沒收的舒爾哈齊全部家產。
在他人眼中，努爾哈赤是顧念手足之情。
在舒爾哈齊看來，努爾哈赤是故作姿態。
他不感恩。他認爲自己沒有理由感恩，反而應該牢記哥哥對待親弟弟的刻薄寡恩!
努爾哈赤何嘗感覺不到這些?
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舒爾哈齊完了。他永遠不再是弟弟，而是敵人，一個無用、有害，又再無必要與之周旋的敵人。
努爾哈赤佯稱新宅落成，邀舒爾哈齊赴宴，將其幽禁。又以舒爾哈齊之命召來他的兩名心腹驍將常書、納齊布，在二人步入房門之時，使潛伏甲士攔腰斬殺之。
舒爾哈齊鐵索鋃鐺，被囚禁在暗無天日的禁所，囚室門窗皆被磚石密封，僅留“通飲食、出便溺”兩個洞口，生不如死。兩年後，亦即萬曆三十九年(1611年)八月十九日，舒爾哈齊憂憤而亡，時年四十八歲。
努爾哈赤大權在握，於明萬曆四十四年元旦，順利登上了後金天命汗的寶座。
五十八歲的努爾哈赤，以吞吐天地的雄才大略，橫掃千軍的赫赫戰功，統一女真的光輝業績，贏得了此時的殊榮。而他光輝燦爛的寶座，染有其胞弟——舒爾哈齊的血。
舒爾哈齊死於女真上層權力與汗位的爭奪。關於他的死，有各種不同猜測。除一些猜測認爲他是被努爾哈赤囚禁、“憂憤而死”外，更多的猜測則認爲他是被努爾哈赤殺死的。
清朝官書隱去了努爾哈赤囚禁舒爾哈齊的情節，含糊記載道：
弟貝勒自責曰：“多蒙兄汗贍養，曾欲別往以居，洵屬狂妄，實乃我之過也。” 於是翻然歸來。聰睿恭敬汗遂以籍沒之國人、僚友于當年悉數歸還弟貝勒。後弟貝勒仍不滿其兄聰睿恭敬汗之待遇，不屑天賜之安樂生活，遂於辛亥年八月十九日卒。
舒爾哈齊之死，是後金國初四大疑案的第一個疑案。同許多宮廷疑案一樣，舒爾哈齊的死，成了永久的謎。
