祕魯總督轄區(西班牙語：Virreinato del Perú)，是1542年至1824年西班牙在美洲的四個總督轄區之一。領土包括今天的祕魯、智利、哥倫比亞、巴拿馬、厄瓜多爾、玻利維亞、巴拉圭、烏拉圭、阿根廷、圭亞那和委內瑞拉等國家。
1533年，西班牙征服祕魯，於1542年成立祕魯總督轄區，首府利馬，統治西屬南美洲。1718年從祕魯總督轄區中劃出新格拉納達總督轄區，首府波哥大;1776年又劃出拉普拉塔總督轄區，首府布宜諾斯艾利斯。
1816年，拉普拉塔聯合省(今阿根廷)宣告獨立。1820年，聯合省軍隊在其領袖聖馬丁率領下，出征祕魯，解放沿海地區。次年，在祕魯人民配合下，攻入利馬，祕魯共和國成立。1824年，最後擊敗西班牙殖民者，玻利維亞共和國獨立。
