努爾哈赤在統一女真各部的戰爭中，取得節節勝利。隨着勢力擴大，人口增多，他於明朝萬曆二十九年(1601)建立黃、白、紅、藍四旗，稱爲正黃、正白、正紅、正藍，旗皆純色。四十三年，努爾哈赤爲適應滿族社會發展的需要，在原有牛錄製的基礎上，創建了八旗制度，即在原有的四旗之外，增編鑲黃、鑲白、鑲紅、鑲藍四旗(鑲，俗寫亦作廂)。旗幟除四整色旗外，黃、白、藍均鑲以紅，紅鑲以白。把後金管轄下的所有人都編在旗內。其制規定：每300人爲1牛錄，設牛錄額真1人;5 牛錄爲1甲喇，設甲喇額真1人;5甲喇爲1固山，設固山額真1人。據史籍記載，當時編有滿洲牛錄308個，蒙古牛錄76個，漢軍牛錄16個，共400個。此時所編設的八旗，即後來的滿洲八旗。清太宗時，又建立蒙古八旗和漢軍八旗，旗制與滿洲八旗同。八旗由皇帝、諸王、貝勒控制，旗制終清未改。初建時，不但在軍事上發揮重要作用，而且具有行政和生產職能。清朝統一，太宗皇太極爲加強對旗人的束縛，增強了八旗制的軍事職能，併爲擴大軍事實力和籠絡人心，又建立了漢軍八旗和蒙古八旗。各旗有軍營、前鋒營、驍騎營、健銳營和步軍營等常規伍，司禁衛，雲梯和佈陣等職。另外，設立了相禮營、虎槍營、火器營和神機營等特殊營伍，演習摔跤、射箭、刺虎和操練檢槍等。由於清初諸帝很重視槍炮武功等實戰本領，八旗軍在平定三藩，收臺灣各抵禦沙俄侵略等戰鬥中都取得了輝煌戰績。八旗兵分爲京營和駐防兩類。京營是守衛京師的八旗軍的總稱，由朗衛和兵衛組成。侍衛皇室的人。稱朗衛，且必須是出身鑲黃、正黃和正白上三旗的旗人，如紫禁城內午門、東西華門、神武門等由上三旗守衛。
八旗組織中蒙古旗與漢軍旗的建立比滿洲旗稍晚。清太宗皇太極天聰三年(1629)時，已有蒙古二旗的記載，稱爲左右二營。八年改稱左翼兵和右翼兵。九年，後金在征服察哈爾蒙古後，對衆多的蒙古壯丁進行了一次大規模的編審，正式編爲蒙古八旗，旗制與滿洲八旗同。漢軍單獨編爲一旗，據考證是在天聰五年正月(一說天聰七年)。皇太極崇德二年(1637)分漢軍爲二旗，旗色玄青，四年分二旗官兵爲四旗，七年正式編爲漢軍八旗，旗色與滿洲八旗同。從明萬曆四十三年八旗制度建立，直到清崇德七年才完成八旗組織三個部分二十四旗的組織建設，八旗每一旗下都包括滿洲、蒙古、漢軍三個部分。
八旗又有上三旗與下五旗的區別。順治七年(1650)底多爾袞死後，清世祖福臨爲了加強對八旗的控制，對八旗的順序進行了調整。由皇帝控制的鑲黃、正黃、正白三旗，稱爲上三旗;由諸王、貝勒統轄的正紅、鑲紅、正藍、鑲藍、鑲白五旗，稱爲下五旗，此後終清未改。上三旗較下五旗爲崇，是皇帝的親兵，擔任禁衛皇宮等任務，下五旗駐守京師及各地。雍正爲進一步加強中央集權，削弱諸王、貝勒對各旗的控制，嚴格區分下五旗中的旗分佐領(俗稱外佐領)和府屬佐領(俗稱內佐領)的隸屬關係。下五旗中的主要部分旗分佐領，實際上也由皇帝直接控制。諸王及貝勒僅能控制其府屬佐領。又以鑲黃、正白、鑲白、正藍四旗居左，稱爲左翼;正黃、正紅、鑲紅、鑲藍四旗居右，稱爲右翼。
禁衛軍制清朝定都北京以後，絕大部分八旗兵丁屯駐在北京附近，戍衛京師的八旗則按其方位駐守，稱駐京八旗，俗稱京旗。另抽出一部分旗兵派駐全國各重要城市和軍事要地，稱駐防八旗。駐京八旗負責皇宮和京師的安全，實即禁軍。清禁衛軍制大類有二，即郎衛和兵衛。郎衛即指御前近衛，專門負責皇帝及后妃等的警衛與服務，其內部又根據具體任務的不同，設置侍衛處、鑾儀衛、善撲營等不同的機構。侍衛處初選上三旗子弟中才武出衆者分班入值，掌上三旗侍衛親軍之政令，供宿衛扈從之需。鑾儀衛亦系侍從武職，掌管帝、後車駕儀仗等機構。宣統元年(1909)避溥儀名諱，改爲鑾輿衛。善撲營，順治初年曾設善射鵠、善強弓、善撲等侍衛，各有專管，統在三旗額內。康熙八年爲懲治鰲拜專橫亂政，選侍衛中一部分年少有力者練習撲擊之戲，鰲拜入見時，即令侍衛等掊而縶之，於是有善撲營之設。該營專習摜交、射箭、賽馬等技藝，供皇帝遊玩宴樂時表演。兵衛即指京師及宮禁的警衛，也根據不同的任務及防衛的需要，分設前鋒、護軍、步兵等不同的營制。
八旗的駐防入關以前，已有八旗駐防之設。清統治全國以後，分爲畿輔駐防、滿洲駐防和各直省駐防。畿輔駐防爲守衛京師附近地區，包括保定、張家口、熱河、察哈爾及木蘭圍場等地。各省駐防多爲省會或重鎮。八旗駐地及兵額，視各代而有增損、裁併，但變化不是太大。清末全國駐防共有817個佐領。
八旗在全國各地駐防，一般不設都統。在重要地區如盛京、吉林、黑龍江、江寧、杭州、福州、廣州、荊州、西安、成都、綏遠等處設將軍。凡設將軍處下設副都統。將軍爲該地區的最高軍事長官，但不理民政。後熱河、察哈爾由副都統升爲都統後，即爲該地區長官。
八旗的旗務管理無論滿洲、蒙古或漢軍，均由固山額真管理。順治十七年，固山額真一律改稱都統。各旗均設都統一人，副都統二人。雍正元年，設八旗都統衙門，由上述各旗都統二十四人及副都統四十八人組成，掌滿洲、蒙古、漢軍八旗之政令，稽其戶口，經其教養，序其官爵，簡其軍賦。凡八旗之方位，京師及各地之駐防，陵寢守衛，壯丁編審，選子弟充執事，選送秀女，以授地之法定八旗世業，奴僕管理，田租定額，房產購置，紅白賞恤，選送俊秀入官學出具考試名冊，會選旗營官員，功過勸懲，世職襲廢，稽戶丁，定兵額，選馬甲等等，無不統一管理。
八旗的興衰八旗制度建立在“兵民合一”的基礎上，入關前沒有兵餉規定。天聰四年皇太極說：“滿洲出則爲兵，入則爲民，耕戰二事，未嘗偏廢。”當時，興京(今遼寧新賓)內城居宗室勳戚，外城居宿衛親兵萬餘。此外遠近十餘萬戶，散處遼河東西，無事耕獵，有事徵調，徵調時所發行糧也很有限。清統治全國以後，八旗兵餉的主要形式是坐糧，包括錢、糧兩部分，從徵時發給部分行糧。八旗兵丁按其兵種可分爲親軍、前鋒、護軍、領催、馬甲、步兵、炮甲、養育兵、匠役等，其兵餉的數量亦有所差別，且時有增損。
清軍入關，滿族人口大量涌入北京及其附近地區，爲了安置八旗官兵和閒散人口的生活，從順治元年底至康熙四年清政府共進行了三次大規模的圈地運動(見圖地令)，八旗滿洲、蒙古、漢軍官兵三次共分得旗地二百三十三萬五千四百七十七晌零九畝。八旗兵丁的份地爲五晌(一晌約六畝)，終清沒有大的變化。兵丁份地大多數靠本人帶同家屬從事耕種，後迫於生計被典押出去。清初規定旗民不交產，幾經反覆，直到光緒三十一年才最後取消禁令。
清統治全國以後，由於八旗制度的嚴重束縛，八旗兵丁生計日漸拮据。八旗生計問題主要是北京正身旗人的生活問題。康熙、雍正時業已出現，乾隆初更趨嚴重，從而引起清統治集團的嚴重關注。康熙、雍正時曾先後賞賜銀兩數次，但不久即罄盡無餘，於是增加兵額，擴大食餉面。雍正二年始設教養兵，後改稱養育兵，給予錢米。光緒時養育兵共計27408人，清末達到29407人。乾隆時曾准許京城和各省駐防漢軍八旗出旗爲民，令其各得生計。但直至清末，八旗生計問題非但沒有解決，而且陷於貧困的境地。
八旗制度從正式建立到1911年辛亥革命後清朝覆滅，共存在296年。它是清王朝統治全國的重要軍事支柱，曾在中國歷史上起過積極和進步的作用，爲發展和鞏固多民族統一的國家、爲保衛邊疆防止外來侵略等都作出了重要貢獻，對滿族社會的發展，更起到不可磨滅的作用。隨着歷史的嬗變，八旗制度中落後的一面也日益明顯，嚴重地束縛了滿族人民的發展，在征戰中的作用也愈來愈小。八旗制度與清王朝的命運緊密地聯繫在一起，經過了由盛而衰、由衰而亡的整個歷史過程。
