二戰初期做爲美國殖民地的菲律賓一切都是那麼安全，但是到1941年日本攻打珍珠港，美國對日宣戰，太平洋戰爭開始，菲律賓就成爲日本第一個入侵的東南亞國家。
圖爲1941年底馬尼拉街頭日本商販的購物中心，這時還沒遭到日本人轟炸和入侵。
1941年12月日本發動珍珠港襲擊，美國殖民地菲律賓也同樣被日本狂轟濫炸。1941年12月8日9時,日本陸海軍航空隊500架飛機從臺灣出動對呂宋島美軍航空兵基地進行轟炸,一舉將美軍在馬尼拉附近的克拉克和伊巴機場上的200架飛機炸燬一半。其中,對日軍威脅最大的“空中堡壘”B17式轟炸機2/3被毀於地面,日軍取得了空中優勢。同時,日軍以1個營攻佔了呂宋島以北的巴坦島，後呂宋島在1942年被日軍佔領。
之後美軍撤退到澳大利亞，日本統治菲律賓一直到1945年，這年1月9日美軍準備登陸，但這一次登陸失敗。1月15日美軍第二次登陸，在馬尼拉西南成功登陸。到1月31日，美軍第11空降師的兩個團實施空降行動，攻佔一座橋樑及之後向馬尼拉前進，2月3日，美軍第1騎兵師攻佔了橫跨流入市內巴石河上的橋樑，準備收復馬尼拉，2月4日美軍傘兵攻入馬尼拉，但日軍實施瘋狂的屠殺，導致美軍一直到2月23日才收復。
1945年2月底，美軍佔領下的馬尼拉大都會劇院。由於馬尼拉戰役時日軍瘋狂大屠殺，毀壞馬尼拉所有橋樑及其基礎設施，在美軍佔領之後馬尼拉一片廢墟。
1945年3月，戰爭結束後馬尼拉房屋殘骸的物品。
日軍在馬尼拉被擊敗之後，菲律賓倖存者在市區的聖克拉拉修道院被美軍營救。美軍強攻馬尼拉時，日軍對菲律賓進行大屠殺，直到2月23日美軍奪回，據知被屠殺的菲律賓人高達十萬人。
1945年馬尼拉戰爭後，馬尼拉街頭的抗日標語。用漢字寫着“攻進日本會師東京”。
1945年馬尼拉戰爭結束後，馬尼拉的街道上掛着漢字抗日旗幟。
二戰後馬尼拉議會遭到嚴重破壞。
馬尼拉1945年5月基亞波教堂和淪爲廢墟的馬尼拉街道。
馬尼拉戰役後，馬尼拉日歡迎美國軍隊迴歸，圖爲1945年馬尼拉市政廳前圓盤的二戰盟國旗幟。
1946年7月，馬尼拉市中心的盧爾德大教堂和Recoletos教堂廢墟。日軍馬尼拉戰役時，在巴石河南岸肆意姦淫屠殺，燒燬了市內的教堂和衆多公共建築。
