1945年3月7日，美軍意外地在萊茵河的雷馬根地區奪佔了沒有來得及被炸掉的魯登道夫大橋。爲了挽回頹勢，希特勒密令約德爾，讓斯科爾茲內派出蛙人將這座大橋炸掉。斯科爾茲內立刻向約德爾提出了抗議，因爲幾個月前他在荷蘭的奈梅亨幹過同樣的活兒，去炸橫跨馬斯河的一座大橋，結果損失慘重。正是早春，萊茵河的河水只有零度上下，而且美軍也吸取了奈梅亨的教訓，在上游幾公里處便設置了橋頭堡，德國蛙人無法偷偷下水。日後斯科爾茲內這樣寫道：“這是我頭一次拒絕命令。”不過最後他向約德爾答應說可以試一試。
結果斯科爾茲內的預料完全成了現實。幾名蛙人遊進了湍急冰冷的河水後再也沒有露出水面，另外幾位蛙人則被兩岸的美軍用探照燈發現，乖乖地舉手投降了。魯登道夫大橋自己在幾天後轟然垮塌，不過這是德國工兵撤退前炸了一次的結果，跟斯科爾茲內的蛙人部隊沒有一點關係了。
不久之後，斯科爾茲內又被召到元首大本營，這一次他發現希特勒脫離實際的情況越來越嚴重。希特勒看到自己心愛的指揮官時劈頭說道：“親愛的斯科爾茲內，你在奧得河干得不錯，我到現在還沒感謝你哩!……每天我都可以聽到很多新聞，但是能夠使我感到安慰的新聞總是來自你的戰線。我準備發給你橡葉騎士十字勳章，而且親手爲你佩帶!……關於上一次的任務，你可以慢慢地向我說明，今後我仍將借重於你，好自爲之!”說完之後，希特勒緩慢地站了起來，佝僂着後背，彷彿是一個萬病纏身的老頭。自這次召見之後斯科爾茲內就再也沒有見到希特勒了。
其後不久，斯科爾茲內隻身前往南德意志和奧地利，一面報告當地的一般局勢，一面奉命增強“阿爾卑斯要塞”的兵力。“阿爾卑斯要塞”是德國人最後幻想出來的空中樓閣，一小羣死忠的納粹分子決定以此爲根據地進行最後的頑抗。路過維也納時，他決定到自己的家鄉再看上一眼。此時在維也納附近的公路上已經擠滿了西逃的難民和士兵，斯科爾茲內狂按着喇叭，試圖在人潮中開出一條通路。忽然他發現一個健康的軍士趕着馬車招搖而過，車上裝着傢俱和包裹，周圍一羣傷兵卻在步行，斯科爾茲內猛地停下車來，攔住馬車，然而趕車的軍士卻無動於衷，於是斯科爾茲內一把將他拎下車來，左右開弓給了他兩記耳光，大吼着說：“把車上的東西都丟下來!給傷兵騰出位置!”在斯科爾茲內的吼叫下那名軍士乖乖地聽從了命令。爲了使他徹底遵守命令，斯科爾茲內將其解除武裝，把他的手槍遞給一名傷兵，囑咐道：“監視着他!讓他儘量載滿傷兵!”
看到此景，斯科爾茲內意識到東線算是完蛋了。日後他如此寫道：“在這種翻天覆地的劇變之下，人類爲了保持自己的生命起見，自私的弱點暴露無遺……”
等他最終趕到維也納時天已黃昏，此時到處謠傳說蘇軍已經開進了維也納城。斯科爾茲內來到了母親的住所，迎接他的是遍地的殘瓦和倚斜的樑柱。鄰居說兩天之前斯科爾茲內太太就和家人疏散了。他又來到弟弟家，情況也大同小異。最後斯科爾茲內來到上過班的工廠，發現廠子仍在全力工作。他在市中心的瘋人塔附近攔住兩位上了年紀的警察，詢問戰況，其中一個花白頭髮的警察答道：“中校閣下，我們就是維也納最後的防禦隊了!”在維也納城防司令部，斯科爾茲內意外地見到了城防司令席臘赫，後者曾是納粹青年運動的領袖。他失望地發現席臘赫除了空喊口號外什麼也不會幹，於是匆匆地離開了維也納，前往阿爾卑斯山，
在阿爾卑斯山，斯科爾茲內和從柏林趕來的拉德爾花了幾天的時間去尋找希特勒和戈培爾吹了半天牛皮的“國民堡壘”，但找到的只是運來補給品的馬車和卡車，一兩處鋼筋水泥工事，已經早已生了鏽的兵工廠機器而已。他們無論如何也不能相信自己的眼睛，斯科爾茲內悲痛萬分，認爲萬事已休了。
如今斯科爾茲內必須考慮一下自己的將來了。一個相熟的空軍飛行員要把他帶到西班牙，但是遭到了拒絕，斯科爾茲內拒絕拋棄手下獨自逃命。他解散了手下，尤其是來自比利時和荷蘭的志願者，還發給他們一些從柏林帶出來的美元和珠寶作爲逃命路費，之後與拉德爾等人一起藏在山中的滑雪小屋裏，等待戰爭的結束。
1945年5月8日德國宣佈投降。此時斯科爾茲內仍在山間小屋裏平安地過日子，直到有一天山谷間的農民來報告說美軍正在全力搜捕他，斯科爾茲內才下決心向美軍投降。他給附近的美軍指揮官寫了一封信，讓這位農民帶去，然而這信卻如泥牛入海，幾天後他又寫了一封信，結果仍是毫無動靜，諷刺的是此時美軍仍在通過電臺和報紙在全歐洲通緝他。最後斯科爾茲內決定帶着拉德爾和另外兩名手下下山投降。
然而即使向美軍投降也不是一帆風順的。他們到了薩爾茨堡的美軍司令部，向一名上士說出了自己的身份，這位上士卻說不曾聽到過有關斯科爾茲內來投降時如何處置的指示，於是又派人驅車帶他們前往師部。路上開車的美軍士兵得知他的大名後竟然說：“如果你真的是斯科爾茲內的話，就痛快的喝一頓吧!因爲今晚你可能就上絞架了!”
在第42師的司令部，沒人對斯科爾茲內一行表示出有興趣的樣子，還讓他們靠邊站。然而在他們的身份被覈實後情況就不同了，斯科爾茲內回憶道：“一下子從房間的四個房門裏出來四個士兵，都把手裏的衝鋒槍對準了我。”在美軍司令部裏，斯科爾茲內先被搜身檢查毒藥，然後反綁着雙手牽到了記者招待會上。他的投降成了當天最轟動的新聞。
1947年8月18日，已在戰俘營中度過了2年時光的斯科爾茲內與其他10名黨衛軍戰犯一起被帶到達豪接受審判。美軍軍事法庭對斯科爾茲內的指控主要有兩點：1、指使第150裝甲旅的士兵僞裝成美軍，使用美軍的旗幟、徽章和制服，混入盟軍隊伍中製造混亂，這違反了國際法中關於“在實際交戰中，交戰雙方必須明確身份”的原則;2、企圖謀殺艾森豪威爾。
斯科爾茲內的辯護律師羅伯特·達斯多則強調，第150旅的士兵們只是在夜幕中前往目標的過程中身穿美軍制服，而一旦被發現，他們立即脫掉美國軍服，恢復德軍裝扮。而關於在實際戰鬥中使用敵方制服方面，當時的相關法律中的規定並不明確。達斯多認爲，國際法中並沒有明確禁止使用敵方軍服，而只是強調“禁止不恰當地使用”，因此，相關規則應理解爲：“士兵在偷偷潛入敵方偵察或爲保護自身不受傷害時，可以穿着敵方軍服，但在實際交戰時，必須穿戴與敵人有明顯區別的服裝或徽章。”
負責審判的美陸軍上校羅森福爾德卻不贊同達斯多的辯護理由，認爲其士兵在被敵人發現後，在向對方開槍前脫下僞裝的行爲毫無意義，因爲對方已經被欺騙，在戰鬥中已處於不公平的弱勢。但達斯多辯護說，盟軍在戰爭中也會採用這種方式執行一些任務，並且請到了英國空軍傳奇性的特種部隊指揮官福雷斯特·托馬斯中校作證，證實他們爲營救被德軍關押的戰友，也曾讓部下帶着武器、身穿德軍制服、用僞造的德軍證件到德軍監獄裏活動，並承認，若暴露身份或感到有危險，他們也會毫不猶豫地開槍。托馬斯的證詞起到了關鍵作用，對斯科爾茲內的這項控罪撤銷。對他的第2項控罪也因證據不足而撤銷。
然而，宣佈無罪後的斯科爾茲內並沒有獲釋，不久之後，他被送到德國中部達姆施塔特的“非納粹化”戰俘營。其間盟軍有6次準備將他釋放，但都因政治原因或者官僚文牘而拖延了。斯科爾茲內此時已經熬不下去了，他寫信給托馬斯上校徵求意見，後者的回答只有兩個字：“逃跑!”。
1948年7月27日，斯科爾茲內再次發揮了特種兵的才能，躲進一輛貨車裏逃出了戰俘營。貨車在離達姆施塔特16公里的森林中停了下來，那裏有人拿着衣箱等着他的到來。斯科爾茲內迅速換上平民服裝，搭乘貨車前往斯圖加特。第二天他來到了貝希特斯加登，並在那裏隱藏起來。其間他曾寫信給西德政府徵求意見，西德政府非正式地同意他隱藏起來，不要隨意露面。爲逃避盟國和猶太人的追蹤，他隱姓埋名，還把棕紅色的頭髮染成了黃色。
東躲西藏了18個月後，斯科爾茲內手拿羅馬教廷簽發的“難民”護照來到西班牙，在那裏得到了獨裁者佛朗哥將軍的庇護，獲得了西班牙護照，並恢復了其戰前的身份——工程師。他向朋友借了一筆金錢，開設了一家工業技術公司，在1952年成交了一筆當時西班牙最大的買賣，將價值500萬美元的鐵路車輛和工具賣給西班牙。
同是在1952年，聯邦德國政府終於宣佈斯科爾茲內並未犯下戰爭罪，他終於可以在各國間遊走。此後斯科爾茲內曾以顧問的身份爲埃及總統納賽爾工作，隨後又來到阿根廷，與庇隆總統關係密切。他幫助庇隆組建了南美最兇殘的祕密警察力量，還擔任庇隆夫人的貼身保鏢，至少挫敗了一次暗殺陰謀。當然，他也因此獲得了回報——庇隆夫人從其名下基金會(極有可能是鮑曼自德國轉移出的納粹財富)的財產中劃撥了一部分給斯科爾茲內。
此外，他還致力於幫助尚在獄中的前納粹軍官們獲釋或逃跑，其中最知名的有派珀(Joachim Peiper)、塞普·迪特里希(Sepp Dietrich)和邁耶(Kurt “Panze” Meyer)。曾有報道稱斯科爾茲內手中握有丘吉爾與墨索里尼在整個戰爭期間一些祕密談判的證據或文件，他曾威脅丘吉爾，如果不釋放這些戰俘，他將把證據公諸於世。在斯科爾茲內的幫助下，有超過500名納粹軍官經西班牙逃往南美。
此後關於斯科爾茲內的流言繼續滿天飛。有消息稱蘇伊士戰爭期間他曾經訓練埃及蛙人去炸英法的軍艦;有人說他接受阿聯(阿拉伯聯合共和國，1958年由埃及和敘利亞組成，1961年敘利亞，1971年重新恢復“埃及”舊名)的委託，以50萬英鎊的代價綁架摩洛哥國王;還有傳言稱，斯科爾茲內於1952年利用所謂的“敖得薩組織”(ODESSA，意爲“前黨衛軍成員組織”，實際名稱爲Die Spinne)基金，在南美洲重新建立了納粹組織;還有人說他曾在60年代幫助中央情報局在古巴的行動，但這些事情都無法得到證實。
在阿根廷盤垣數年後，斯科爾茲內又回到西班牙，成爲一名成功的商人。1970年10月，斯科爾茲內在漢堡大學附屬醫院接受了脊椎外科手術，摘除腫瘤，從此腰部以下癱瘓。1975年7月5日，“歐洲最危險的男人”斯科爾茲內卒於馬德里，終年67歲。按照他的遺願，斯科爾茲內被埋葬在維也納的多布林格公墓，長伴於其母親身側。
