出生
1563年，玉子在越前國(今福井市)出生，父親是戰國有名的武將明智光秀，母親爲妻木熙子，父母感情極爲融洽，在父親早年爲生計奔波時，母親曾偷偷剪下長髮將其賣掉以補貼家用。
1578年，經由父親的主君織田信長做主，玉子嫁與細川藤孝嫡子細川忠興做正室，細川家與明智家是舊識，藤孝與光秀曾一起攻打紀州，且細川家與朝廷和各路大名都關係良好。這之後幾年，玉子和忠興在龍勝寺城過着幸福的日子，長女於長與嫡子忠隆相繼出生。
本能寺之變
1582年，父親明智光秀於京都附近的桂川叛變，討伐位於本能寺的主君織田信長及其後繼者織田信忠，逼使兩人先後自殺。信長手下另一大將羽柴秀吉接到信長的噩耗後，匆忙與毛利求和，撤軍後率軍折回，與織田氏其他武將會師進軍京都，在山崎戰役中擊敗明智光秀。光秀敗走後，在逃往近江途中，於小慄棲(京都市伏見區)被附近農民殺死(另說是自盡身亡)。明智秀滿在光秀失敗後，於阪本城自盡。明智家的勢力至此完全敗亡。
自此玉子揹負逆臣之子的罪名，細川忠興本應殺死玉子，向秀吉和死去的主公表達忠心，但忠興不忍下手，於是把她幽禁在丹後的深山裏。兩年後，經過秀吉的同意，二人正式恢復夫妻關係。在幽禁期間玉子信奉了基督教，並在秀吉下令禁教時也不肯棄教，因此與丈夫發生矛盾。
關原之戰
1600年，關原合戰一觸即發，丈夫忠興隨東軍德川家康赴關東。當時大部分東軍將領的家屬都還在大阪城，石田三成遂命令把居住在大阪城下町的東軍各大名眷屬都集中起來，以作要挾，瓦解東軍軍心。玉子尚在大阪城內，因此被西軍統帥石田三成挾持，企圖脅迫忠興改投西軍，但是玉子拒絕成爲人質，決定以死來抗爭，天主教徒不能自殺，於是由家臣小笠原少齋將玉子刺死，然後放火焚燬屋敷。玉子留下一首辭世詩“散りぬべき 時知りてこそ 世の中の 花も花なれ 人も人なれ“
在玉子死後包括小笠原少齋在內的好幾個家臣也隨後自殺，有一位名叫稻富一夢齋的家臣在玉子被殺之後沒有自殺反而逃跑。據說事後細川忠興追殺這個家臣足足有十餘年之久。
