東晉末年，晉朝廷內焦外患，外有諸異族虎視眈眈，時常南侵;內有各軍閥盤踞一方，伺時而動，晉王朝搖搖欲墜。隆安三年(399年)，孫恩在會稽起兵反晉，東南八郡紛紛響應。晉廷雖然在隆安五年(402年)最終平定了叛亂，但卻消耗了大量兵力，造成京防空虛。這就給了盤踞荊州一帶的桓玄以可乘之機。
桓玄
桓玄是東晉權臣、大司馬桓溫之子。由於桓溫晚年有篡位的跡象，所以在桓溫死後，晉廷對桓玄一直心懷戒心，不敢重用。這讓桓玄頗覺不得志，曾感嘆：“父爲九州伯，兒爲五湖長”。公元396年，晉孝武帝死後，司馬道子、司馬元顯父子把持朝政，寵信王國寶並圖謀削弱方鎮，引起了青兗二州刺史王恭的不滿。王恭遂於隆安元年(397年)舉兵，迫使司馬道子誅殺了王國寶。次年，王恭再次舉兵，桓玄、楊佺期和時任荊州刺史的殷仲堪起兵響應。
及后王恭因劉牢之反戈而敗死，桓玄等因畏懼而撤回蔡洲與朝廷軍對峙。爲了瓦解桓玄、楊佺期和殷仲堪的聯盟，司馬道子遂以桓玄爲江州刺史，楊佺期爲雍州刺史，而把殷仲堪貶爲廣州刺史。殷仲堪大怒，催促桓玄和楊佺期進兵。桓玄和楊佺期因得了最大的實惠，不想出兵，殷仲堪一怒之下退兵回荊州。桓玄等大懼，遂也撤兵，並趕上殷仲堪。因各自的利害關係，三人重新結成了同盟，共同約定不接受朝廷詔命。司馬道子爲了安撫殷仲堪，最終恢復了其荊州刺史，於是三人各回任地。
桓玄之亂
隆安三年(399年)，荊州發大水，桓玄乘機襲擊了殷仲堪，楊佺期前來救援，終因糧草奇缺，雙雙爲桓玄所殺。於是桓玄就獨霸了荊楚，一時間實力大增。司馬元顯對此極爲不安，遂於元興元年(402年)舉兵伐玄。後因劉牢之反戈，遂被桓玄攻入建康，司馬道子父子被殺，桓玄由此得以掌握朝政大權。隨後，桓玄野心越來越大，並於元興二年(403年)篡晉稱帝，改年號爲永始。
桓玄稱帝后就廣爲修繕宮室，大興土木，且催促嚴急，使得上下疲於奔命，遂使得思亂者衆。在這種情況下，劉裕遂於元興三年(404年)聚集北府兵殘餘兵將一千七百餘人舉兵起義，佔領了京口。此時桓玄擁有正規軍4萬，後備軍10餘萬，然而在獲悉劉裕率衆起事後卻大爲憂懼，或曰“裕等烏合微弱，勢必無成，陛下何慮之深?”玄曰“劉裕足爲一世之雄;劉毅家無檐石之儲，樗蒲一擲百萬;何無忌酷似其舅(劉牢之);共舉大事，何謂無成!”
劉裕佔領京口後，就殺死了桓玄派去討伐的猛將吳甫之和皇甫敷，隨後進攻覆舟山，虛張聲勢，營造出四周皆有士兵的假象;又因桓玄守軍多爲原北府兵，曉得劉裕作戰勇猛，對其都沒有了鬥志，於是劉裕率諸軍順利以火攻擊潰桓玄軍，桓玄棄城西逃。
劉裕進據健康城後，繼續派兵追擊桓玄。桓玄逃回老巢荊州後，馬上組織了數萬水軍進行反攻。這時劉裕派去的劉毅、劉道規等兵馬不滿萬人，然而卻個個鬥志昂揚。而桓玄兵馬雖衆，卻“常漾舸於舫側以備敗走”，仗還沒打就在演習戰敗後如何逃走，“由是衆莫有鬥心”，士氣此消彼長桓玄由此大敗，並在逃去蜀地途中爲馮遷所殺，桓玄之亂遂平。
