在晚清的皇帝中，同治皇帝的死因一直是史學界和民間百姓茶餘飯後津津樂道的話題。同治帝年僅19歲就去世，根據正史記載，他是死於天花。但民間傳說卻是同治帝是因微服逛妓院，染上梅毒而死的。同治死於梅毒的說法通過野史、小說、電影等通俗載體流傳於世，似乎是家喻戶曉，成爲老百姓茶餘飯後的談資。在歷史研究者當中，也有人持同治死於梅毒的說法，但更多的研究者認爲應根據可靠的檔案史料來解開這個疑案。他們通過對清宮檔案史料的分析，認定同治確係死於天花而不是梅毒。雙方各執一詞，同治的死因也就成爲中國近代史上解不開的謎。同治帝究竟死於何病，一直是個疑團。長期以來，流行着不同的說法。
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一說是死於淫瘡，即花柳病。從同治帝平常的行爲習慣上看，他很有可能染上梅毒。據《清代外史》記載，同治帝選皇后的時候，同生母西太后發生了意見分歧。西太后喜歡美貌豔麗但舉止輕佻的侍郎鳳秀的女兒，但同治帝和東太后慈安卻都看中了清朝唯一的“蒙古狀元”崇綺之女阿魯特氏，該女雖然相貌平常，但舉止端莊，一見就知道是有德量者。同治帝不顧母后的反對選擇了阿魯特氏爲皇后，鳳秀女只被封了個慧妃。對此慈禧太后一直耿耿於懷，甚至沒有給予崇綺家“皇親國戚”的特殊待遇。婚後，同治與皇后“伉儷纂篤”，這就更加激起了慈禧太后的不快。
慈禧千方百計地離間帝后二人的關係，派太監阻止皇帝和皇后相見，又強迫同治親近慧妃。同治帝此時雖有一妻四妾(慧妃之外還有瑜妃、瑨妃和珣妃)，卻左右不是，不能自主，因此索性誰也不親近，終年獨宿乾清宮。在乾清宮的同治帝獨眠難熬，就經常化裝成老百姓微行出宮。據傳，有好幾個人在肆井中親眼看見過同治帝的行蹤。後來，就從宮中傳出同治帝出痘病重之事。據此，人們有理由懷疑，皇帝微行時也許到過前門外的八大胡同逛妓院，因而染上了梅毒。現在涉及這段歷史的許多文學作品，都採用了類似的說法。蔡東藩的《清史演義》也持這種說法。
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一說是死於癰，俗稱毒瘡。李慈銘在《越縵堂日記》中說：“同治十三年十二月酉刻，上崩。先是十一月朔……上旋患癰，項背皆一，皆膿潰，先十日已屢昏，殆不知人。”《清宮遺聞·同治帝之殊趣》中也說“其病實染毒瘡”。查《辭典》，癰又名癰疽，發病原因與癤子相同，一般多由葡萄狀球菌侵入毛囊汗腺的周圍所引起，唯範圍較大，恰如多數癤子驟生於一處，多生於項背及臀部，小者如栗子，大者如手掌，瘡口甚多，疼痛異常。此症在初起時，須速就醫診治，遲則易陷於危險。這個解釋同李慈銘的記載比較接近。
一說是死於天花，翁同龢就持這種說法。他在日記中寫道：“十一月初二日，入至內務府大臣處……見御醫李德立、莊守和脈按言：天花三日，脈細口渴，腰疼耳膿，四日不得大便，項頸稠密色滯幹豔，證屬重險，不思食，咽痛作嘔。初八日，兩宮皇太后在御榻上持燭令諸臣上前瞻仰。上舒臂令觀，微語曰：‘誰來此?’伏見天顏，溫睟堰臥向外，花極稠密，目光微露。”翁同龢所說“天花三日”“花極稠密”，都是親眼所見，其記載應當可靠。無獨有偶，就在同治帝病死的當月二十九日，大公主(慈安太后所生之女)也因天花“薨死”了。可見當時宮內流行天花確有其事。
另外，在患天花之初，患者發病很急，一般都伴隨着發燒、脈搏跳動加快的反應，而患梅毒者則起病不急，無發燒症狀。而同治的醫療檔案記載同治發病之初連續發了7天的高燒，“脈息浮數而細，系風瘟閉束，陰氣不足，不能外透之症，以致發熱頭眩，胸滿煩悶，身酸腿軟，皮膚髮出疹形未透，有時氣堵作厥”，以及“咽喉幹痛，胸滿作嘔，頭眩身熱”等，這些都是出天花的症狀。此外《清朝野史大觀》卷一《穆宗微行》一節中也說：“帝以痘疾竟至不起，人疑其爲花柳病者以此。”也說明同治帝系因天花而死，所謂死於花柳病純系疑誤。
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除了上述三種說法外，還有一種說法，即同治帝死於西太后之手。費行簡在《慈禧傳信錄·穆宗致命》一節中說：“王慶祺(同治帝師傅、昭仁殿行走)革斥後，輒語人云，穆宗親政後，太后仍多幹涉，乃請修園爲頤養計，意在禁隔，使勿再幹政耳，竟爲太后所覺，遂致奇變。”從西太后一生專制殘暴、兇狠毒辣，以及證之後來光緒帝一生不幸的遭遇來看，這一說法似乎有一定道理，但只是附會臆想，並無事實根據。從某種程度土說西太后干涉同治帝行政是可能的，說她因此而親手殺死自己的親生兒子似乎可能不大。清代宮闈之事，諱莫如深。同治帝究竟死於何病，至今還衆說紛紜，確切的結論尚有待於後人的進一步研究。
