司馬鄴最初過繼給伯父秦獻王司馬柬，襲封秦王。永嘉七年(313年)，晉懷帝於平陽遇害之後，司馬鄴於長安即帝位，改元建興。司馬鄴即位時，西晉已經沒有可以作戰的戰力;而且長安也沒有可用的物資可以與前趙作戰。建興四年(316年)八月，劉曜發兵攻打長安，並且切斷長安的糧運;晉愍帝在食糧斷絕的情況之下於十一月十一日(12月11日)投降漢趙。之後晉愍帝被送往平陽，封爲懷平侯，並且承受身爲狩獵隊伍的前導以及宴會洗杯子的雜役的屈辱。建興五年十二月二十日(318年2月7日)，被劉聰殺害，終年十八歲，葬處不明。
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晉愍帝繼位時，正值永嘉之亂，天下分崩離析，長安城中不滿百戶人家，房屋坍塌，荊棘成林。朝廷無車馬服飾，只能把官銜寫在桑木板上作標誌而已。軍隊不過一旅，公私有車四輛，器械缺少，糧餉運輸不能接濟。外敵橫行，京都危急，各地諸侯無獻身之志，四方將帥無勤王之舉，故使晉愍帝君臣處境窘迫。
在他被羣臣擁立爲皇帝的時候，西晉王朝已經名存實亡，皇室世族早都逃到了江南。十一歲的司馬鄴赤露肩背，口含玉璧，出城往劉漢軍營求降。投降之後，司馬鄴受盡屈辱，在劉聰出獵時手執長戟爲他開路，宴會上身着青衣替人斟酒，連圍觀百姓都痛心疾哭，即便如此，爲了防止晉人造反，司馬鄴最終還是被劉聰殘忍地殺死了。
永嘉之亂
西晉(265～317)是魏晉南北朝史上短暫的大一統王朝，共有四代皇帝，司馬鄴是亡國之君，諡號晉愍帝，“愍”指的就是他一生所經歷的苦難憂患。
265年，西晉的開國之君司馬炎取代曹魏政權，建立了晉，並用十五年的時間完成了統一全國的宏願。但是這種統一局面僅僅維持了三十七年，可謂曇花一現，最終爲內遷的少數民族和造反的流民所滅。但若究其根本，還是免不了要歸咎於八王之亂，這場歷時十六年的內亂，耗盡了西晉的國力，早已爲滅亡埋下了伏筆。
司馬鄴的前任皇帝晉懷帝司馬熾就是在八王之亂中被扶上位的傀儡皇帝。他在位也只有短短八年，而且朝政一直被司馬越把持。當時，北方的少數民族匈奴也已經開始建立自己的政權，並積極準備內遷。因爲八王之亂兵災連年，加上天災，百姓們流離失所，流民起義不斷，也爲少數民族內遷提供了絕佳時機。
永嘉五年(311)六月，氣勢洶洶的匈奴人攻陷了西晉的首都洛陽，將晉懷帝擄了去，這就是歷史上有名的“永嘉之亂”。晉懷帝被擄走的途中，太子司馬詮也被殺害。年僅十一歲的司馬鄴被雍州刺史賈胥護送回長安，封爲皇太子，以備不測。果然，很快便傳來晉懷帝被殺的消息，司馬鄴便被羣臣擁立爲新的君主，是爲晉愍帝。被俘的晉懷帝被押往平陽，匈奴漢王劉聰將其封爲會稽郡公，囚禁起來，並故意加以侮辱，命他在正月的朝會上做斟酒的僕人。在座的一些晉朝的舊臣看不下去，失聲痛哭，這讓劉聰很反感，不久他就下令用毒酒將晉懷帝毒死了。可憐晉懷帝死後連個像樣的葬禮都沒有。晉懷帝的悲慘遭遇似乎是晉愍帝一生的預演，只不過，相比之下，晉愍帝要更爲悽慘。
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青衣行酒皆是恨
永嘉之亂，晉懷帝被擄走，太子被殺，後繼無人，司馬鄴在這個危難之際被扶立爲帝。但是，此時的西晉早已經名存實亡了。因爲八王之亂持續十幾年，戰火蔓延之處，人民生活困苦，流民起義不斷，社會極其不穩定。所以一些有錢的貴族早已經開始遷往江南一帶，過着富庶安定的生活。留下來的除了一些矢志不移地想要光復晉朝的忠臣，就是一些沒錢逃亡的窮苦百姓了。
因此，晉愍帝即位的時候，朝廷既沒有可以作戰的軍隊，也沒有多少可用的糧草物資。316年八月，匈奴劉曜又率兵圍攻長安，長安軍民依靠城池之險，苦苦固守了三個月，最後，城內糧盡，除了等死之外，唯有投降了。
爲了城內倖存的軍民考慮，晉愍帝唯有忍辱屈服，對劉漢稱臣了。當時，大家都知道匈
奴人素來仇恨漢人，即便是投降，也很難存活，便央求晉愍帝不要投降，大家一起殉國，免得再受欺辱。晉愍帝雖然年幼，卻也明大義，他自己一人殉國可以，但是畢竟城裏還有無辜百姓，如果自己投降可以讓他們免受屠城之苦，那也算是自己能爲他們所盡的綿薄之力了。
於是，他脫去了龍袍，赤裸肩背，口含玉璧，乘坐羊車，出城前往劉漢軍營投降。一路上，百姓們看到年幼的皇帝如此淒涼，紛紛圍住號啕大哭，有的人爬上羊車拉着他不放，不願看到他遭受匈奴人的虐待侮辱。晉愍帝前途未卜，心中悽苦，卻又無可奈何，只能用力推開衆人，驅車來到了劉漢軍營前。看到狼狽的晉愍帝，匈奴人肆意取笑，極爲囂張。被押送到平陽之後，晉愍帝被廢封爲光祿大夫，西晉王朝至此滅亡。
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對於這個年幼的亡國之君，劉聰百般羞辱，先是像對待晉懷帝一樣命他青衣行酒。堂堂西晉的皇帝，不得不穿上賤役的青布衣服，在匈奴人開懷暢飲的時候奴顏婢膝地爲他們斟酒，稍有差池還要被呵斥辱罵。更可悲的是，在座的還有一同被俘虜的西晉舊臣。劉聰故意安排他們在場，就是爲了刺激晉愍帝。這些臣子看到自己的皇帝如此屈辱，悲痛不已，忍不住偷偷啜泣。看到這些，劉聰更加高興，對晉愍帝越來越放肆，簡直連一個雜役的待遇都不如。
匈奴人是遊牧民族，喜歡打獵。在每次出獵的時候，劉聰便故意帶上晉愍帝，並讓他全身披掛，穿着笨重的鎧甲，手執長戟，爲自己執鞭開路。一旦有野獸出沒，劉聰便和部下指着受驚的晉愍帝哈哈大笑。路上的晉朝百姓看到這一幕，都嘆惋不已。劉聰一方面享受着虐人的快感，一方面又擔心長久下去激起了晉人的反抗之心，便派人殺害了晉愍帝。可憐晉愍帝被處死的時候纔剛剛十八歲，本來正是年少輕狂的時候，卻受盡屈辱和折磨，含恨而死。
