作爲一個曾爲法西斯頭子希特勒立下過汗馬功勞的間諜首腦，卡納里斯在諜報工作中表現出來的卓越能力和非凡的天分，曾令盟軍反間諜機構吃盡苦頭。卡納里斯因而被譽爲納粹的“諜報大王”，並備受希特勒的寵信。希特勒曾賦予他幾乎無限的權力，但最終仍對其狠下殺手，對其“罪狀”也從未公開，這就給世人留下了一個難解之謎。卡納里斯的真實身份和真正死因究竟是什麼?對這些問題，二戰史學家們也衆說紛紜，莫衷一是，以致法國著名史學家馬塞爾·博多教授等人編寫的權威著《第二次世界大戰歷史百科全書》對以上問題也只能作出如下敘述：“1938年卡納里斯就對希特勒採取敵對態度，以後他在對第三帝國的敵人進行間諜活動的同時，廣爲保護反政府的陰謀分子。他參加反對希特勒的抵抗運動的原因很難猜測;他那複雜計謀中的種種矛盾使人難以看出他的心理活動。”歷史學家對卡納里斯真實身份和死因的推測主要有以下兩種說法：
第一種說法認爲，卡納里斯實際上系英國間諜或稱“雙重間諜”。他的這個身份最終暴露後，才被勃然大怒的希特勒處決了。堅持這個說法的人並不少，如卡納里斯的主要敵手、黨衛軍中央保安局局長恩斯特·卡爾登勃魯納戰後在紐倫堡國際軍事法庭上接受審訊時聲稱：“我斷定，卡納里斯是最大的叛國犯。”黨衛軍另一個頭目斯科爾茲內也對審判官說：“卡納里斯自始至終都在直接地故意地向英國出賣國家的軍事機密。”納粹戰犯喬德爾則稱卡納里斯“爲敵人服務多年了。”甚至英國著名諜報史專家理查德·迪肯也在其撰寫的《無聲的戰爭——西方海軍諜報史》一書中認爲：“一直到1939年，英國海軍情報處和卡納里斯都保持着聯繫，他們之間的聯繫主要是通過西班牙的渠道，最主要的聯繫人是百萬富翁胡安·馬奇。”卡納里斯究竟是不是英國間諜?戰時英國特工首腦、原英國情報局局長孟席斯將軍斷然否定了這個說法。他在1964年一個陰暗的冬日，對英國記者勒金頓談到：“從人們對間諜這個詞的理解來判斷，卡納里斯從來都不是一個英國間諜。我與他有接觸這個事實容易導致曲解，但實際情況是，所有老練的情報機構都與他們的敵人保持接觸。卡納里斯從來沒有把他的國家的祕密出賣給我，或出賣給英國方面的任何其他人，雖然他手下有人這麼幹。另一方面，他確曾幫過我的忙。舉例子說吧，我想把我一個同事的妻子弄出淪陷的歐洲，我通過一些渠道讓卡納里斯瞭解這一點，不久，她就出來了。”既不否定卡納里斯曾與英國情報部門有過接觸，但又斷然否定卡納里斯是英國間諜，孟席斯將軍的一番話，更使人如墜五里霧中，百思不得其解，這恐怕正是間諜首腦談話的高妙之處。
第二種說法認爲，卡納里斯系以暗殺希特勒，推翻其統治並謀求與西方媾和爲目的的密謀集團“黑色樂隊”的重要成員。英國著名歷史學家安東尼·布朗在《兵不厭詐》一書中甚至認爲卡納里斯是“黑色樂隊”的真正建立者和靈魂人物。而納粹戰犯列希在紐倫堡國際軍事法庭的被告席上也曾說，從1934年6月30日“長刀之夜”事件以後，卡納里斯已醒悟到希特勒政權的罪惡，於是就策劃“巧妙的陰謀，以影響其他軍事組織、高級指揮部等，最後使它們相信，希特勒政權確實危險，必須把它除掉。從此，卡納里斯的諜報局就成了武裝部隊(指德國國防軍)內部一切反希特勒活動的中心。”
聯繫到1947年溫斯頓·丘吉爾首相在英國國會對卡納里斯等人的反希特勒活動的高度評價：“它屬於全人類歷史上已有的最崇高、最偉大的(抵抗運動)，”此說似乎也不無道理。但此說有一個最令人費解的問題，即1944年7月20日，施陶芬貝格上校等人領導的暗殺希特勒的未遂事件失敗之後，在希特勒於狂怒之下掀起的血腥報復狂潮中，“黑色樂隊”的成員幾乎被一網打盡。短時間內，包括原陸軍總參謀長路德維希·貝克大將在內的50多名參謀本部軍官被行刑隊槍決，另有數千人被絞死或槍決，其中包括密謀集團首領馮·維茨勒本陸軍元帥，甚至在緊要關頭反戈一擊、迅速處決施陶芬貝格上校等人以滅口的弗雷德里希·弗洛姆大將也未能逃脫被送上絞刑架的下場，被懷疑參與了密謀集團陰謀的埃爾溫·隆美爾陸軍元帥也被希特勒迫令自盡。西線德軍總司令、陸軍元帥馮·克魯格因其部下曾參與密謀集團的活動，被希特勒召回柏林，在途中因恐懼而自殺身亡。而卡納里斯雖於1944年7月23日被捕，但卻是在8個多月之後才遭處決的。若按常理推斷，如果有充分證據證明卡納里斯被牽涉進了密謀集團，與其他人一樣，他很快就會被處決，絕不會拖這樣久的時間。所以，另一位著名的英國曆史學家特萊弗·羅珀在《希特勒的末日》一書中認爲：“對於海軍上將卡納里斯是否參與密謀(殺掉希特勒)，還難下定論。”
當然，對這個問題還有其他觀點，如曾任黨衛軍保安局第6處處長的瓦爾特·舒倫堡在戰後撰寫的回憶錄中認爲，卡納里斯參與密謀集團串通證據確鑿，如“1944年7月，在柏林郊外的一個地下室裏，發現了兩個公事箱，裏面裝着他有罪的文件。它們提供了他和他的同黨罪行的最終證據。然而，在1944年，希姆萊仍然能夠有力量保護卡納里斯，使他不至於被處死刑，結果，他被送進了巴伐利亞弗洛森堡的一所集中營。”此外，舒倫堡還認爲，德軍最高統帥部參謀長凱特爾陸軍元帥也參與了對卡納里斯的保護，使他未被立即處決，而多活了8個多月。而希特勒對這一延誤曾大發雷霆。
就這樣，這位德國的優秀人物的世界同他一起消失了，剩下的都是一些不能講話或不肯講話的人、謠言、半真半假的事實和一些國家文件。由於大批原始檔案的毀滅和當事人的死亡，傳奇諜王卡納里斯的真實身份和真實死因或許永遠都是一個解不開的歷史之謎了。
