歷史上有個不成文的規律，就是隔代修史，明史是清人編寫的，如果承認南明爲合法政府，清朝就不是合法政府，因爲這兩個政權同時並存過一段時間，所以南明所處的位置十分尷尬。
清朝是從努爾哈赤開始的，但實際上應該從皇太極開始，畢竟皇太極創立了“清”，清朝滅亡後還有個遜清小朝廷，也就是僞滿洲國，但也沒把這個朝廷算入清朝正史。
在正史中清朝一九一一年就結束了，之後的清廷被視爲“不合法”。
嚴格來講南明不算是清朝一部分，也不算是明朝一部分，它的正統性其實是有待推敲的。南明從形式上與東晉、南宋很相似，但地盤太小，難以相提並論。
南明比起東晉、南宋，沒有行之有效的政治體系，在文化上也沒有建樹，雖然歷經四帝但在位時間都短，最長的才十幾年，當然這一切都不是南明登不上歷史正統地位的決定性原因。
其實地盤、經濟、政治都不是決定一個王朝是否“正統”的主要原因，判斷一個朝代是否是上一個朝代的延續，要看它統治者的正統性和文化的歸屬感。
東晉和南宋都是統治者原班人馬南渡建立的朝廷，整個行政體系都搬了國家，原來的皇族也都一起南下，這樣建立起來的國家在民衆眼裏只是丟地，而不是“滅國”。
再往前推算，蜀漢是偏安一隅的王朝，但在當時百姓和後世修史官的心裏，蜀漢就是漢室的“正統”，諸葛亮就是漢朝的“忠臣”，因爲它的國號是“漢”，諸葛亮的口號是“漢賊不兩立，王業不偏安”，諸葛亮在書信裏也屢次提到“匡復漢室”。
其實蜀漢對“漢”的宣揚也是一種文化普及與文化推廣，他們的做法令漢地百姓有了文化的歸屬感，而朝廷也有文化的凝聚力和向心力。
所以史學家說蜀漢是漢朝的“第四個階段”，這個朝廷是完整的，有完整的政治體系，也沒有南明那麼多內鬥，換句話說，蜀漢實現了對它的行政區域(國家)完整的統治，而南明卻沒對南方進行過完整的、有效的統治。
當一個王朝滅亡後，新朝總是勵精圖治，儘量多刷存在感，但南明一開場就以最差的姿態進入，一開始就有“分權而立”的跡象，朱由崧是由四鎮總兵(高傑、黃得功、劉澤清、劉良佐)這四派軍閥輔佐的，四鎮總兵依仗擁立之功，啓用閹黨餘孽和東林黨針鋒相對，明朝末年那一套全被南明繼承下來。
弘光元年，左良玉進逼南京，說奉崇禎太子的命令誅殺奸臣馬士英“清君側”，朱由崧調江北四鎮迎敵，造成江淮陷入守備空虛，被清軍攻破。
清軍渡過長江，弘光帝被迫出奔蕪湖，後來被在北京抓獲處死，弘光政權滅亡。
弘光時期山東、河南一帶並沒有滿清的大軍，而弘光朝廷忙着內鬥，根本沒人去接收，這樣的王朝不但倉促短命，而且在民間也沒有什麼認可度，修史官也覺得說無可說，對於民間修史的人，對這部分也涉獵不多。
說起民間修史，我們要提到康熙年間第一個文字獄，叫《明史》案，也叫莊氏史案，
順治年間，南潯人莊廷龍買到了一本大明學士朱國楨的部分明史稿，所以就聘請一幫江浙一帶的學者編輯成書，叫《明史輯略》，莊廷龍去世後，他的父親莊允誠就讓李令析作序，後來虛列了“參訂者”，再把此書賣出。
一些學者對此不滿，說參訂者怎麼沒他們的名字，於是莊氏再把書高價贖回重新撰寫，把原版劈了。本以爲這件事解決了，沒想到一個被革職的官員吳之榮向莊氏敲詐錢財不成，怒而報官，又上報朝廷說他“私編明史，毀謗朝廷”，此案最終牽連廣，多達一千人，成爲清朝第一大案。
“江浙名士列名書中者皆死，刻工與鬻書者亦同時被刑”，很多官員被流放。
所以沒有人敢再修《明史》，文字獄也是“南明史”大半沒有流傳下來的重要原因。
清朝官方歷史明確記載着：一六四四年崇禎自殺，明朝亡，對此後代史官不再有異議，包括一些嚴肅的歷史學家，也將南明當成一個個小的割據政權，當成一個地理概念，而不是一個國家概念。
