羅斯福上臺後，對美國情報機構的現狀非常不滿意，還得不停地協調各情報機構之間的紛爭。
1939年，羅斯福總統發佈祕密指示，將全部諜報工作、反諜報工作和對敵破壞工作交給聯邦調查局和陸、海軍情報部。同時，他還授權聯邦調查局在拉丁美洲針對軸心國間諜開展反情報和安全工作。
1941年6月22日，德國對蘇聯開戰。形勢的嚴峻程度已經大大超出之前的預料，羅斯福迅速做出決定，成立美國情報協調局，由威廉·約瑟夫·多諾萬任局長。1941年7月，多諾萬從預算局要來45萬美元的撥款，在白宮附近幾間破舊的大樓裏開始工作。正式工作是破壞、諜報、反間諜和部署、實施祕密行動，這些工作成爲後來美國中央情報局的基本行動範圍。
多諾萬逐漸加大情報協調局的活動範圍和力度。他甚至一度從老朋友斯蒂芬森手中接過英國間諜原來乾的一項活兒，即定期到西班牙駐華盛頓大使館進行祕密搜查，偷拍親軸心國的佛朗哥政府的密碼本和重要文件，以協助英國攻克德國“迷”字機密密碼。但是這一祕密舉動令聯邦調查局局長鬍佛大爲光火，因爲這該是他管的事。胡佛一氣之下，在情報協調局的密探再潛入使館時，聯邦調查局出動車輛，打開明亮的信號燈，並且高放警報信號，最後把驚慌失措的密探給逮回去了。
多諾萬氣得渾身發抖，他和胡佛一直吵到羅斯福面前，但是總統出於自己的考慮，並沒有訓斥胡佛，反而是下令把這項任務轉交給聯邦調查局。
成立
爲改善混亂的情報局面，1942年初，羅斯福一度想解散情報協調局，將其各個機構分配到其他情報部門中去。多諾萬爲使這一想法不被實施，費盡心思，後來他找到盟友美國最高軍事機構參謀長聯席會議。後者堅信美國必須有一個機構專門從事對敵祕密工作，多諾萬則使他們相信情報協調局就是最好的執行者。
1942年6月13日，在參謀長聯席會議和多諾萬的聯合建議下，羅斯福下令將情報協調局與軍方情報力量結合，成立美國戰略情報局，多諾萬任局長。這是美國第一個統一的中央情報機構，也是美國中央情報局的前身。
第二次世界大戰結束後，杜魯門總統解散了戰略情報局。 但是杜魯門總統很快發現自己無法應付來自政府各部門的情報報告。於是，成立國家情報局及其行動機構，即中央情報組，以協調並覈對這些報告。
1947年杜魯門總統批准了《1947年國家安全法案》。根據“國家安全法”的規定，美國中央情報局必須符合“沒有警察、傳票或執法力量或國內安全職責”的規定。這一結構導致了美國中央情報局和國防部其他情報機構之間以及美國中央情報局和聯邦調查局之間的關係緊張。
1947年9月18日，世界上最公開的情報組織，美國中央情報局就在這種微妙的政治環境中誕生了。
