孔四貞的苦難還沒有結束，她被擄到了昆明，名義上是保護她的安全，實際上卻形同軟禁。孔四貞被幽禁了6年，直到“三藩之亂”平定後，才孑然一身回到了京師。有野史說她被康熙收入後宮，其實這不過是無稽之談，回京時的孔四貞只是個人老珠黃的寡婦，也失去了政治利用價值，是不可能被康熙看上的。
孔四貞的晚景頗爲蒼涼，早在她舉家前往廣西后，清廷便將她的名分由和碩格格降爲郡主，並明確下不爲例。失去了皇恩的庇佑，又無夫無子，她心如枯井，冷清度日。康熙五十二年(1713)，孔四貞走完了她傳奇又淒涼的一生。
傳說孔四貞死後葬在京西公主墳，此說一直流傳於民間。公主墳的主人到底是不是孔四貞呢?
1965年，北京修建地鐵，工地施工經過公主墳。人們發掘時，驚異地發現公主墳有兩位公主的墓葬。這兩位公主不是傳說中的民間公主，也不是孔四貞，而是嘉慶皇帝的女兒莊敬和碩公主和莊靜固倫公主。莊敬和碩公主是嘉慶第三女，她於嘉慶六年(1801)下嫁蒙古親王索特納木多布濟，嘉慶十六年(1811)卒，享年31歲。
莊靜固倫公主爲嘉慶第四女，於嘉慶七年(1802)下嫁蒙古族土默特部的瑪尼巴達喇郡王，嘉慶十六年(1811)卒，享年28歲。兩位公主同年相繼逝世，所以葬在了同一處地方。
既然孔四貞沒有葬在這裏，那她究竟魂歸何處?史書上對此並沒有明確記載。據考證，她有可能葬在了阜城門外的孔王墳、其父孔有德的墓旁，歷經了半生富貴、半生淒涼之後，她最終回到了父親的身邊。
