康熙十九年(1680)，衛拉特蒙古準噶爾部統治回部後，對其首領實行人質制。1755清朝政府出兵平定了新疆準噶爾分裂勢力，乾隆二十年五月，清軍攻克伊犁，釋放作爲人質禁錮於伊犁的大和卓(名波羅尼都)、小和卓(名霍集佔)。波羅尼都率領他的弟弟霍集佔等30多人投奔清朝軍隊。伊犁平定後，清朝命令他返回南疆，招撫舊部，統領維吾爾民衆。大和卓返葉爾羌(今莎車)統領回部，小和卓留伊犁掌管伊斯蘭教務。1756年小和卓霍集佔從伊犁逃回，參與衛拉特蒙古輝特部首領阿睦爾撒納陰謀發動叛亂，兵敗逃葉爾羌。
乾隆二十二年(1757年)，殺害清廷所遣前往招撫的副都統阿敏道，自立爲巴圖爾汗，波羅尼都受到鼓動。他們號召各城起兵反清，一起集衆數十萬叛亂，舉兵反對清朝政府，叛軍控制了天山南路的大部分地方。
乾隆二十三年(1758年)二月，清廷命雅爾哈善爲靖逆將軍，率滿、漢兵萬餘自吐魯番進發，進入南疆(天山南路)平叛。起初，清軍出師不利。但由於大小和卓殘酷地壓迫維吾爾族人民，“兵餉、徭役繁興，供給稍遲，家立破;及出亡(兵敗逃亡)，又盡其貲以行，民脂殆竭” [1] 。人民不堪其苦，紛紛逃亡。五月，圍叛軍據點庫車。大、小和卓率萬餘鳥槍兵自葉爾羌經阿克蘇赴援，被清軍擊敗，傷亡4000餘人，旋率殘部入庫車固守。雅爾哈善未乘勝進擊，而坐守軍營終日博弈，疏於戒備，致使大、小和卓乘夜率400騎逃遁，雅爾哈善以貽誤軍機罪被處死。清軍攻克庫車後，小和卓逃到阿克蘇，守城維吾爾族人閉門不納，只得逃到烏什，同樣爲烏什維族人所拒，遂退保葉爾羌。大和卓則據守喀什噶爾。大小和卓相約各守一城。兩人相爲倚角，抗擊清軍。十月，定邊將軍兆惠率步騎4000至葉爾羌，三戰三勝，然以兵少不能取城，即於城東隔河結“黑水營”自固待援。叛軍萬餘人包圍黑水營，用炮轟、水淹、偷襲等方式頻繁攻擊。清軍堅守三個月，傷亡甚衆。
二十四年正月，清定邊右副將軍富德率兵3000自烏魯木齊馳援，至呼爾滿(今莎車東北)，與叛軍騎兵5000激戰四五晝夜，獲勝，渡葉爾羌河，與參贊舒赫德、都統阿里袞部會師。兆惠聞援軍至，督兵突圍。清軍會師振旅，還阿克蘇。
