秦漢時期
秦朝的中央行政機關實行三公九卿制。
秦王朝在確立 皇帝 尊號的同時，還總結了戰國以來各國的官僚制度，建立起了一套適應封建統一國家需要的中央政府機構，這就是三公九卿制度。 三公 ，即丞相、太尉、御史大夫。 九卿 ，即奉常、廷尉、治粟內史、典客、郎中令、少府、衛尉、太僕、宗正。 三公 的職責分別爲：丞相，輔佐皇帝處理全國事務，是皇帝的助手。從秦開始，丞相正式成爲官職，爲中央政府中皇帝之下的最高長官;太尉，協助皇帝掌管全國軍隊;御史大夫，爲丞相的助手，掌圖籍章奏，監察百官，是皇帝的耳目。三公 之間互不統屬，直接隸屬於皇帝，便於皇權集中。 三公 之下的九卿的職責爲：廷尉，掌司法;治粟內史，掌國家財政稅收;奉常，掌宗廟祭祀禮儀;典客，處理國內各少數民族事務和對外關係;郎中令，掌管皇帝的侍從警衛;少府，掌管專供皇室需要的山海地澤收入和官府手工業;衛尉，掌管宮廷警衛;太僕，掌宮廷車馬;宗正，掌皇帝宗族事務。但無論三公 ，還是 九卿 ，均由皇帝任免調動，一律不得世襲。
漢景帝改了大量官名。把“奉常”改爲“太常”;“衛尉”改爲“中大夫令”;“廷尉”爲“大理”;“典客”爲“大行令”;“治粟內史”爲“太農令”，武帝時改爲大司農。武帝時改“大行令”爲“大鴻臚”，“郎中令”改爲“光祿勳”。
上述九卿更名大多沒有影響到他們的職能，至於動機可能是語言變遷而尋求官名的準確。無獨有偶，三公的名稱也有比較大的變化。漢武帝更“太尉”爲“大司馬”，漢成帝時更“御史大夫”爲“大司空”，漢哀帝時“丞相”更爲“大司徒”。
以上更名在當時並非是更名，而是另有原因。
比如，大司馬一職，原是霍去病和衛青討伐匈奴，帶去的馬匹有十四萬，但至班師入塞之時卻不到三萬匹，所以任兩人同爲大司馬。而原來的太尉田蚡被太皇太后竇氏下令免官，太尉之職從此長期空缺。再加上，霍去病和衛青二人長期對匈奴作戰，手下兵將極多，久而久之，太尉的職權就逐漸轉移到大司馬。另外，應當瞭解，太尉其實在漢初是不常設的。太尉一職的或置或廢，大都與征伐或時局有關。如漢文帝三年，罷太尉官，歸屬丞相，這年五月就是由灌嬰率軍還擊匈奴的入侵。景帝時，太尉職銜也只恢復了4年。以此爲背景來看，大司馬替代太尉相對來說是比較容易的。
漢武帝時改革了中央官制，把中央官員分爲外朝官、內朝官。外朝官有丞相及丞相之下的各六百石官。而內朝官，或稱中朝官，包括大司馬和左、右、前、後將軍，尚書，以及侍中、散騎、諸吏、諸郎、博士等。所謂內朝官或中朝官就是由皇帝直接差遣，而不專任行政職務的，與行政性質的正規官稱的外朝官相對而言的。
三公之中以御史大夫等級最低，職能也比較模糊，一方面爲丞相之副，一方面供內廷的差遣。
在漢武帝之前，三公九卿制實際已有近代君主立憲的影子。丞相爲主要的治國大臣，丞相府中有個百官朝會殿，皇帝有時也親臨朝會殿與丞相商議國事，或由丞相主持廷議，然後領銜上奏。而日本由首相對天皇負責，天皇聽政則在一千多年後的“明治維新”時期纔有此景象。但與此君主立憲制中不同的是，西漢的大司馬依然對皇帝負責。
漢武帝之前，丞相的位高權重，連皇帝也不能不敬三分。凡丞相進見，皇帝得離坐;丞相病重，皇帝得親臨問疾，並遣使送藥;丞相死後，移歸私第，皇帝車駕往吊，並賜棺，賜葬地，賜冥器等。西漢，皇帝與丞相的衝突在武帝時達到高峯，本來漢武帝對田蚡言聽計從，但田蚡得寸進尺。
《資治通鑑》記載：田蚡每次上朝奏事，奏着談上大半天，他推薦人作官，有的位居二千石，把皇上的權利都奪了去(任命官吏是皇帝的權利)，皇帝就對他說：“你任命完了沒有?我也打算任命官吏。” 田蚡曾請求把考工官署的土地撥給他以擴建私宅，武帝發怒：“你爲什麼不乾脆要武庫”從此之後田蚡才稍稍收斂。
由於丞相權位太重，威脅了皇權，皇帝很不放心，所以自武帝以後，章奏的拆讀與審議，轉歸尚書檯(令)，從此之後，丞相、太尉、御史大夫雖然都是政權的負責人，但實際權利已向尚書檯。丞相有過失，由尚書問狀彈劾。
相對於秦朝，三公之中職能變化最大的當屬御史大夫了，漢文帝時下詔：“制詔御史，其除肉刑。”從此，御史大夫成爲全國最高的法官和監察官。哀帝時又把御史大夫改叫大司空，再也不當法官了。
西漢時的中央官制改革集中在漢武帝時期。這次改革始於與太皇太后對抗時期，是以政治鬥爭爲目的的變革，是被史家稱爲“大一統”一攬子改革的一部分。漢武帝的改革從根本上加強了中央集權，突出了皇權，削弱了(丞)相權，把中央官員分爲內外朝更加強了中央機構爲皇帝服務的職能。至此之後，除前文所述哀帝，成帝對御史大夫和丞相的名稱變更外，再無值得一談之事。
西漢末年，王莽相繼爲大司馬、尚書令，逐漸掌握了實權，後自立爲帝，國號新。王莽不以國號“新”爲理念，九卿的名字全以《尚書》的文章爲準。大司農改爲羲和，後更爲納言;大理改爲作士;太常改爲秩宗;大鴻臚改爲典樂;少府改爲共工;還有，“光祿勳”等改爲六監。就連百官、宮室、郡縣都換了名稱。但這些僅僅都是 “託古改字”而已，同“託古改制”是不一樣的，換湯不換藥。
東漢從劉秀稱帝起到曹丕廢掉獻帝共197年，其中以光武、明、章三帝時期爲短暫興盛，而後東漢歷經外戚、宦官之禍，少數民族叛亂到黃巾起義，到最後所謂三國諸侯割據時代，一直是內亂不已。所以東漢在前期基本繼承西漢官制略有改革，而在中後期則因內亂的局面而逐步擡升了軍事官職的地位，也有幾人以文官而稱雄於世。
光武帝即位時以大司馬、大司徒、大司空爲三公，27年後才改大司馬爲太尉，並把大司徒，大司空的“大”字去掉，稱司徒，司空。司空的職能已經從往日的監察“改行”去管“營城起邑，浚溝洫、修墳防之事”。
東漢光武帝在對皇權的加強上，比起西漢更有過之而無不及。光武帝親政時，擴大尚書檯的權利，職無不統。《通考·職官考》雲：“至後漢，則(尚書)爲優重，出納王命，敷奏萬機，蓋政令之所由宣，選舉之所由定，罪賞之所由正，斯乃文昌天府，衆務淵藪，內外所折衷，遠近所稟仰。”
三公被架空，只有議事功能，沒有實際權利，以後尚書檯成爲東漢時期的決策機構，國家中央權利全部集中在皇帝的宮廷辦公廳內，且三公往往因小事而被辭退，三公地位逐步降低。最明顯的就是(大)司徒，相當於西漢時期的丞相，再也沒有西漢時期當皇帝上賓的好運氣。如韓歆爲司徒，因好直言，無所隱諱，光武帝不能容忍，把他免官，遣歸鄉里，並下詔責之。韓歆惶恐不安，與其子嬰皆自殺。其後歐陽歙、戴涉爲大司徒，皆以罪下獄死。
東漢時期太傅拜爲上公。光武帝以卓茂爲太傅，封褒德侯，食邑二千戶，賜几杖車馬。此後，每當新皇帝即位，輒置太傅錄尚書事，總攬朝政。黃巾之亂後，董卓以太師自封，位在太傅之上。這些官位均不常設，歷任太傅錄尚書事都在死後被除其官名。
東漢沿西漢舊制，同置九卿。其所職掌，也與西漢略同，只是機構的裁併，屬官的精簡，有異於前。此外，東漢的九卿，分別隸屬於三公。太常、光祿勳、衛尉三卿，爲太尉所領;太僕、廷尉、大鴻臚三卿，爲司徒所領;宗正、大司農、少府三卿，爲司空所領。拋開現實意義不說，僅從官制的創新上來看，這是一項創新。它削弱了司徒的職權，三公各行使一部分國家權利，使官制更加合理。但從權利的角度上來看，司徒所領太僕、大鴻臚均是虛官。太僕服侍皇帝，沒有參與國家政事的權利。大鴻臚執掌少數民族及外交事務，這對一個自稱天朝的國家來說，除了在某些施威儀時可利用外，其他時候無足輕重。僅僅留下一個管人頭的廷尉還有點文字上的地位。
東漢自漢光武帝以來就戰事頻繁，所以除三公、九卿、尚書檯以外，東漢又有各級將軍，也是中央要員。有大將軍，其次驃騎將軍、車騎將軍、次衛將軍，又有前後左右將軍。其中大將軍位在三公之上，驃騎將軍、車騎將軍、衛將軍在三公之下。前、後、左、右將軍，位在上卿之下，不常置。東漢中期以後，太后臨朝稱制，外戚執政，常假借兵權以自重。於是，大將軍便成爲中央的主要官員了，並與太傅三公合稱爲五府。
東漢末年，諸侯割據，董卓、曹操分別掌握過中央政權。董卓曾經集太師、大將軍、相國爲一身。其中又以相國爲尊，位居三公之上。曹操掌權時，罷去太尉、司徒、司空，又置丞相、御史大夫，曹操自爲丞相，至其死。
三國時期
三國時期，竊漢朝天下的魏國實力最強，同時也是和東漢一脈相承的勢力，在官制上也延續於曹操“挾天子以令諸侯”的時期。蜀國以漢朝正統自居，所以漢朝遺風比較重，但是在諸葛孔明治蜀時有無尚書檯一說還有待考證。吳國統治者堅持從自己的實際情況出發，在個別官職上動了動小手腳，但並沒有值得一提的改革。房玄齡評價到：“孫吳、劉蜀，多依漢制，雖復臨時命氏，而無忝舊章。”在三國時期官制上的真正創新，大多出於魏國，其中以置中書省影響最大。
曹操爲魏王時，初置祕書令。曹丕稱帝初，改祕書令爲中書省，有監、令兩臣，由通達文學的士人擔任，當時的文學就是現在所說的學術。監、令之下有中書侍郎、通事舍人、著作郎等屬官。尚書省在名義上是皇帝的祕書班子，實際上有些機密命令的下達並不通過尚書省。從此尚書檯的權利又漸漸轉移到中書省，逐漸形成了中書“實握事要”，操縱政務的局面。曹魏加強中書權力和擴大官制組織不但是這一個國家的事情，而且是整個三國時代官制的一大變化，影響極爲深遠，也備受重視。歷來被認爲是中國官制史上中樞機要改變的一個標誌。原來都認爲秦漢機要之位，由丞相而歸三公。東漢機要之位，由三公而歸尚書。魏晉機要之位，由尚書而歸中書。
兩晉南北朝
西晉雖承魏制，但相對於魏國改革漢代官制一樣，西晉在中央官制的變動上邁的步子則更大了。雖然都還有三公，也有九卿，也還聽得到太傅、太保之類的官名。但西晉已經逐漸繼承並發展了尚書省、中書省及門下省。這就是隋文帝所制三省六部的雛形了。
自秦以來皇權和相權就一直是國家中央機構矛盾的焦點。在漢武帝時，置尚書檯，宰相的權利向尚書檯轉移，東漢時這樣的轉移更甚，尚書檯位至宰相之上。魏國初置中書省，尚書檯的權利又向中書省轉移。西晉置中書省，本只是皇帝的侍從和顧問機構，但因親近皇帝而顯得很重要。從三省的職權來看，他們都爲皇帝服務，皇帝是國家的直接治理者，這與三公九卿制有根本區別。皇帝爲加強皇權，拼命的擴大三省權利，擴充三省機構，三公九卿制被嚴重衝擊。三公之中除丞相省置無恆且尚有實權外，九卿已徒有虛名，到了東晉時甚至已經可有可無。東晉桓溫說：“今事歸臺閣，而九卿爲虛設，皆宜省並。”臺閣指的就是尚書省的別稱。《後漢書·仲長統傳》載《昌言·法誡篇》雲：“光武皇帝……政不任下，雖置三公，事歸臺閣。”唐李賢注：“臺閣謂尚書也。”因漢尚書檯在宮禁內，乃有此稱，掌與公府對舉。
哀帝省掉了光祿勳、大司農。元帝省掉了太僕。東晉後，大鴻臚有事則置，無事則省，宗正併到了太常之下，又省掉了少府。於是乎，東晉後九卿就只剩下了三卿充充門面。三公九卿一制名存實亡。
到了南北朝時期，雖然朝代變更不止，少數民族入侵，但是在中央官制上並沒有阻止三公九卿的進一步衰敗。劉宋出了一種“三公”“三司”“兩大”的中央官制。三公就指太傅，太師，太保;三司是太尉、司徒、司馬;二大指大將軍、大司馬。但已經不設九卿。
隋朝
隋朝統一中國後，隋文帝制三省六部，原本的三公也被取締。三公九卿制基本宣告壽終正寢。
