南明隆武帝朱常瀛死後，朱常瀛的兒子桂王朱由榔就繼承皇位成爲了永曆皇帝。
朱由榔這個皇帝不是他想當的，朱由榔又沒有從政的經驗，亂世之君往往下場都很慘。滿清王朝是化外蠻夷，靠着大明王朝的內部消耗才逆襲奪取了大明江山。滿清入主中原以後，對中原百姓進行血腥鎮壓。儘管對崇禎皇帝朱由檢進行了國葬，但是對南明政權卻是採取的趕盡殺絕的政策。
唐王弟朱聿粵紹武帝在廣州稱帝后，與在肇慶稱帝的朱由榔進行了爭奪南明正統皇帝的戰爭。但是這種情況只持續了四十天，就因爲朱聿粵被清軍所滅而告終結。朱由榔還未來得及高興，便被清軍的大舉進攻嚇得逃到了廣州，不久廣州又告陷落。朱由榔只好倉皇逃命到南寧暫且棲身。三姓家奴吳三桂雲南立藩之後，爲了表示對清廷的效忠，一直沒有放棄對南明政權的征剿。朱由榔才疏學淺，本來也是個沒有什麼作爲的明主，初始還同李自成的殘部李來亨部隊合作共同抗清，但是由於兩方各懷異心，不能共同進退。不久李來亨部離開南明軍隊獨自抗清，後被清軍剿滅。
永曆皇帝依仗李定國和孫可望的支持，在兩廣一帶維持與清軍的抗衡，時間長達數十年之久。但是隨着滿清政權在中原地區的逐漸穩定，南明漸漸難以支撐。1661年南明被清軍所滅，永曆皇帝帶領南明皇室及軍民被迫放棄兵器輜重，得以撤入緬甸。在此後的幾年時間裏，追隨永曆皇帝的部隊或死或散，最後只剩下25名眷屬跟隨。
1662年1月，吳三桂的軍隊進入緬甸境內，緬甸王莽達的弟弟莽白髮動政變，殺掉了莽達成爲新任緬甸王。莽白不願與清廷爲敵，便將永曆皇帝、馬皇太后、王皇后及太子朱慈炬等人押入囚車，準備交給平西王吳三桂。追隨永曆皇帝數載的25名眷屬，哭泣着不願離開，情願跟着永曆皇帝一起赴難。在押解永曆皇帝等人回雲南的途中，王皇后不願意回國受辱，便趁人不備，用破碗刺斷咽喉而死，永曆皇帝及衆人皆啼哭不止，時天突然降下大雨，彷彿也是爲王皇后惋惜。
永曆皇帝回國後，吳三桂將其一干人嚴密拘謹，但是在待遇上卻很優厚。在清軍中有一名甲喇章京曾與南明大臣密謀劫獄。可惜事情不密，被清軍發現。該章京便帶人入獄強行搶人，吳三桂大驚之後派重兵彈壓，將甲喇章京及參與謀事主使人共11人凌遲處死，不想卻引起其部下譁變，吳三桂殺滿洲兵2000多人後，纔將此事平息。爲防止再有人劫囚，吳三桂向清廷請求將永曆皇帝等人就地處死，以絕後患。
1662年4月14日，吳三桂將永曆皇帝及太子朱慈炬及眷屬25人在昆明篦子坡用弓弦絞殺。後此地改名爲“迫死坡”以紀念永曆皇帝被殺事件。永曆皇帝朱由榔死後，南明滅亡了。
他作風樸實、不嗜酒、不戀女色、孝母愛妻。而且他身材魁梧、體態微胖、一舉一動頗有帝王之風。爲了能夠使南明政權能夠維持下去，永曆皇帝甚至想到了求助於宗教的力量，1648年永曆皇帝家族全家受洗，除永曆皇帝本人外，自皇后以下皆入天主教。永曆皇帝以此來取悅羅馬教廷，希望能夠藉助西方國家力量來幫助南明政權，可以看出他還是很是想把漢人政權維持下去的。
