關於盤古神話流源及盤古與盤瓠的關係，歷來是史家爭論的問題。清初修《康熙字典》最初將盤古釋爲天地萬物之祖，又引晉幹寶《搜神記》釋雲：“犬名。高辛氏有犬，其文五彩，名盤瓠”。清末民初北京大學圖書館館長夏曾佑在《古代史》一書中說：“今盤古之名，古籍不見，疑非漢族舊有之說，或盤古盤瓠音近。盤瓠爲南蠻之祖”，認爲是漢民族把南方少數民族神話人物盤瓠誤爲己有，造出盤古。但後來改變觀點。他在《盤古考》一文中說：“盤古即盤瓠之說，始於夏穗卿(見所作《古代史》)。予昔以信之，今乃知其非也。”從呂思勉到近期的何新，認爲盤古神話最可能的來源是印度。
其根據是，盤古神話的主題與佛教《吠陀經》尤其是《厄泰黎雅伏婆尼沙壇》記載的有關梵天(Brahma)的宇宙化生情節頗相似。國際瑤族研究協會1986年5月在香港召開第一屆瑤族研究國際研討會，次年又在香港召開盤古、盤瓠專題研討會。香港國學大師饒宗頤在發言中指出一個重要事實，從某文獻的略述中可以知道，還在154年(東漢永興二年)四川成都壁畫中已有盤古畫像存在。在同一壁畫中，盤古之旁爲老子之像。
國際瑤族研究協會首任主席、法國人類學家雅克•勒穆瓦納由此聯想到法國漢學家馬伯樂的一個比較。馬伯樂曾談到有一個老子身體化身的造世神話，頗與盤古神話相似：“老子化生，左眼爲日，右眼爲月，頭爲崑崙山，須爲星辰，骨爲龍，肉爲諸獸，骨爲蛇……”。
雅克認爲，儘管不能說印度神話對中國神話毫無影響，但前者從其感官化生宇宙，後者從其肉身化生宇宙，倘若中國採用印度神話，在重述時亦曾與中國傳說相結合，使盤古在很多地方似燭龍之處尤多於印度模子。
問題在於：假使盤古是採用了印度神話，他如何能崇祀他的衆多華南民間廣泛流傳?答案是：這故事從道教傳說多於從佛教傳說而來。至少在勉瑤中，盤古傳說完全融入道教活動中。他並且指出：“盤古神話在華南幾個民族中流傳，不能被當作是盤瓠故事——一個身份鑑別神話”。( 雅克•勒穆瓦納：《盤瓠是否盤古》，載《中央民族學院學報》，1989-2)
關於盤古神話源流及與盤瓠的關係，各家看法對促進問題的思考都是有好處的，也許討論還可以持續下去。但依據目前掌握的資料和多數人的看法，盤古神話產生於中國南方，即任昉所說“吳楚間”，目前也主要在江南、華南民間流傳。
瑤族崇祀盤古，是把他當作開天闢地神和人類始祖神頌揚，與盤王(盤瓠)之被當作民族始祖神崇祀，在神性上是有區別的。
而且盤古見於載籍比盤瓠還早。在許多地方的瑤族民間，絕不會像某些神話學家一樣，將盤古與盤瓠相混淆，師公、道公的經書一直保留着兩個不同神話的歌唱文，即是例子。
至於有的地方將二者混而爲一，可能是流傳中文本(包括方誌)記載出現錯記，也可能是初期的盤瓠信仰變質爲盤古信仰。不管怎樣，瑤族尊盤古爲人類遠祖則是事實。盤古作爲一個開天闢地的神話人物在瑤族等民族中傳頌，反映的是人們對遠古洪荒時代的朦朧回憶。
